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            material_studio_中文版幫助手冊

            更新時間:2024-03-15 00:21:11 閱讀: 評論:0

            2024年3月15日發(fā)(作者:備品備件管理)

            material_studio_中文版幫助手冊

            歡迎

            歡迎使用Materials Studio

            Materials Studio是一個采用服務(wù)器/客戶機模式的軟件環(huán)境,它為你的PC機帶

            來世界最先進(jìn)的材料模擬和建模技術(shù)。

            Materials Studio使你能夠容易地創(chuàng)建并研究分子模型或材料結(jié)構(gòu),使用極好的

            制圖能力來顯示結(jié)果。與其它標(biāo)準(zhǔn)PC軟件整合的工具使得容易共享這些數(shù)據(jù)。

            Materials Studio的服務(wù)器/客戶機結(jié)構(gòu)使得你的Windows NT/2000/XP,Linux和

            UNIX服務(wù)器可以運行復(fù)雜的計算,并把結(jié)果直接返回你的桌面。

            Materials Studio采用材料模擬中領(lǐng)先的十分有效并廣泛應(yīng)用的模擬方法。

            Accelry’s的多范圍的軟件結(jié)合成一個集量子力學(xué)、分子力學(xué)、介觀模型、分析工具模

            擬和統(tǒng)計相關(guān)為一體容易使用的建模環(huán)境。卓越的建立結(jié)構(gòu)和可視化能力和分析、顯

            示科學(xué)數(shù)據(jù)的工具支持了這些技術(shù)。

            無論是使用高級的運算方法,還是簡單地利用Materials Studio增強你的報告或

            演講,你都可以感到自己是在用的一個優(yōu)秀的世界級材料科學(xué)與化學(xué)計算軟件系統(tǒng)。

            易用性與靈活性

            Materials Studio可以在Windows 98,Me,NT,2000和XP下運行。用戶界面符

            合微軟標(biāo)準(zhǔn),你可以交互控制三維圖形模型、通過簡單的對話框建立運算任務(wù)并分析

            結(jié)果,這一切對Windows用戶都很熟悉。

            Materials Studio的中心模塊是Materials Visualizer。它可以容易地建立和處理圖

            形模型,包括有機無機晶體、高聚物、非晶態(tài)材料、表面和層狀結(jié)構(gòu)。Materials Visualizer

            也管理、顯示并分析文本、圖形和表格格式的數(shù)據(jù),支持與其它字處理、電子表格和

            演示軟件的數(shù)據(jù)交換。

            Materials Studio是一個模塊化的環(huán)境。每種模塊提供不同的結(jié)構(gòu)確定、性質(zhì)預(yù)

            測或模擬方法。你可以選擇符合你要求的模塊與Materials Visualizer組成一個無縫的

            環(huán)境。你也可以把Materials Visualizer作為一個單獨的建模和分子圖形的軟件包來運

            行。

            如果你安裝了Materials Studio的其它模塊,后臺運算既可以運行在本機,也可

            以通過網(wǎng)絡(luò)運行在遠(yuǎn)程主機上。這取決于你建立運算時的選擇和運算要求。Materials

            Studio的客戶機/服務(wù)器模式支持服務(wù)器端運行在Windows NT/2000/XP,Linux或

            UNIX下,使得你可以最大化利用計算資源。

            效率和交流

            所以的研究人員都可以從Materials Studio強大功能中獲益。這份文檔的“演示”

            部分給出了一些簡單的分子和材料的模型。這能使你獲得對材料的更好的理解并能創(chuàng)

            建優(yōu)秀的圖形。與其它Windows軟件的協(xié)同工作使得能容易地拷貝粘貼這些圖形到

            其它文檔。結(jié)構(gòu)和性質(zhì)的數(shù)據(jù)能容易地從電子表格和數(shù)據(jù)庫中導(dǎo)入導(dǎo)出。Materials

            Studio幫助你顯示和共享數(shù)據(jù)。Materials Visualizer也可以安裝在研究部門、生產(chǎn)部門、

            工程部門和營銷部門來在不同部門中共享工作。

            設(shè)計更好的材料

            Materials Visualizer極大地提高了計算材料學(xué)的易用性。它在一個靈活易用的軟

            件環(huán)境中為化學(xué)家、材料科學(xué)家和工程師帶來了有力的方法。它使交流有關(guān)材料結(jié)構(gòu)

            與性質(zhì)和求解化學(xué)與材料工業(yè)中臨界問題的觀點變得簡單直觀。

            最近更新

            Materials Studio2.2版更新

            許多的重要新特征出現(xiàn)在Materials Studio2.2版中,尤其發(fā)布了增強的量子力學(xué)工具,

            新的介觀模型模塊,全新的經(jīng)典模擬能量計算引擎,還有很多內(nèi)部結(jié)構(gòu)和核心Materials

            Visualizer功能的升級。

            新的產(chǎn)品

            MesoDyn。MesoDyn是預(yù)測裝軟凝聚態(tài)物質(zhì)介觀結(jié)構(gòu)動態(tài)組裝,現(xiàn)在是Materials Studio的

            一個模塊。

            MesoDyn現(xiàn)

            Materials Studio版本中的MesoDyn是對在Cerius

            2

            版本功能上的一個大的升級。

            在能被用來解決形成動力學(xué)、自組裝動力學(xué)和相界偏析等主要的工業(yè)問題,這些對高聚物、

            化學(xué)、電子、藥物緩釋、制藥、生物技術(shù)和其它工業(yè)有重大意義。

            MesoDyn的使用者第一次能在介觀尺度上明確包括靜電作用建模。新的積分選項提供了對

            模板積分計算的顯著改進(jìn)。使用對稱多處理器進(jìn)行并行模擬也會提高性能。復(fù)雜的volume

            visualization選項允許用戶創(chuàng)建MesoDyn預(yù)測的介觀結(jié)構(gòu)的極好的靜態(tài)和動畫圖象。

            Forcite。Forcite是Materials Studio中新的原子模擬工具,它可用于能量計算和分子與周期

            系統(tǒng)的幾何優(yōu)化。Forcite采用全新的算法,可以調(diào)用Dreiding、UFF(通用力場)和COMPASS

            等力場。Forcite優(yōu)化周期系統(tǒng)時可以考慮對稱性,這對檢晶儀很有利。使用UFF力場可以

            研究金屬茂合物等無機系統(tǒng)。Forcite僅在客戶端使用。

            Reflex。X-Cell,一個新的粉末法索引工具,已被加入Reflex功能中,這是分子結(jié)晶學(xué)會發(fā)

            展的一個里程碑,代表了索引技術(shù)的一次飛躍發(fā)展。X-Cell可以揭示粉末衍射圖案蘊含的結(jié)

            構(gòu)秘密,這已被證實用其它方法很難索引。X-Cell在2003年7月發(fā)行。

            Reflex的另一個革新是能和模擬的和試驗的衍射圖案一起獨立顯示出由Pawley or

            Rietveld refinement造成的背景貢獻(xiàn)。

            Materials Studio模塊的提高

            Dmol

            3

            。此版本的Dmol

            3

            在Windows和Linux IA32系統(tǒng)中性能有3-4%提高。在所有平

            臺上并行性能都有所提高。這使Dmol

            3

            成為世界上最快的從頭計算代碼之一。新增的

            Handy-Tozer功能使科學(xué)家能模擬氫鍵結(jié)合系統(tǒng),獲得準(zhǔn)確的分子結(jié)構(gòu)和熱力學(xué)數(shù)據(jù),這使

            得Dmol

            3

            成為制藥業(yè)的一個很重要的工具。

            VAMP。作為Accelrys從頭計算和分子動力學(xué)連接工具,VAMP現(xiàn)在包含兩個半經(jīng)驗方

            法——MNDO/d和AM1*。AM1*設(shè)計用來處理過渡金屬元素。VAMP在預(yù)篩選、fast geometry

            過渡態(tài)搜索計算方面是一個優(yōu)秀的工具,可用于均相催化等許多科研領(lǐng)域。附加的過渡態(tài)搜

            索功能使確定合適的過渡態(tài)搜索初始結(jié)構(gòu)變得容易。

            CASTEP。使用最近建立的線性響應(yīng)理論,CASTEP現(xiàn)在有能力計算聲子頻率。聲子頻

            率可用來顯示聲子散射曲線和聲子密度狀態(tài),就像電子能帶結(jié)構(gòu)和狀態(tài)點密度。另外,熱力

            學(xué)量,如自由能和Debye溫度也可以計算出來。這對CASTEP技術(shù)是一個很大的進(jìn)步,開

            創(chuàng)了精確計算固體系統(tǒng)熱力學(xué)性質(zhì)的道路。通過計算Mulliken charges,CASTEP用戶可以

            作population analysis,包括每個角動量分量的partial charges和Mulliken bond populations。

            PDP。PDP現(xiàn)在支持運行Tru64 UNIX系統(tǒng)的Compaq Alpha服務(wù)器。

            Materials Visualizer的改進(jìn)

            隊列系統(tǒng)。Materials Studio的所以模塊都通過第三方隊列軟家支持串行工作提交。2.2

            版本支持一下隊列:

            ·Generic NQS(Nwtwork Queuing System),3.50.9版

            .

            ·OpenPbs(Portable Batch System),2.3.16版

            .

            ·LSF(Load Sharing Facility),

            .

            注意:此版本的Materials Studio只在SGI計算機上運行IRIX操作系統(tǒng)時才支持NQS。

            除串行工作提交,Dmol

            3

            、CASTEP和MesoDyn支持運行PBS Linux架構(gòu)的MPI并行工作

            和運行PBS或LSF的對稱多處理器。但是,Windows下LSF不支持MPI并行處理。

            我們計劃支持其它的隊列系統(tǒng),以便定制其它方法的插件。

            電荷工具。Materials Visualizer包含新的電荷工具,Gasteiger和Qeq。這些工具可以根

            據(jù)結(jié)合性和負(fù)電性給原子系統(tǒng)賦分?jǐn)?shù)電荷。現(xiàn)在Forcite支持的UFF和Dreiding兩個力場與

            電荷賦值方法無關(guān)。

            密堆積

            Materials Visualizer包含新的測量和監(jiān)視密堆積結(jié)果的工具。

            客戶端自動存盤。客戶端Materials Studio添加了自動存盤功能。這可以減小客戶端硬

            件錯誤造成的影響。

            Polymer builder。Polymer builder已經(jīng)提高了易用性。

            網(wǎng)關(guān)。本版本Materials Studio可以通過代理連到網(wǎng)關(guān)。

            平臺改變

            Materials Studio支持的平臺有一下變化:

            ·CASTEP和Dmol3現(xiàn)在支持Intel Itanium 64位處理器。

            ·所以Materials Studio模塊都支持Red Hat Linux平臺。除了Dmol3、CASTEP和Mesodyn

            外,其它都要求安裝PBS。

            支持新的平臺

            ·最新的SGI IRIX-6.5.15和6.5.16

            ·最新版Red Hat Linux-7.3

            ·Red Hat Linux Advanced Server

            ·Red Hat Linux 7.2 for Intel Itanium

            不再支持的平臺

            ·Windows NT Workstation 4.0 SP4 and SP5

            ·Windows NT Server 4.0 SP4 and SP5

            ·Windows NT Server, Enterpri Edition 4.0 SP4 and SP5

            ·SGI IRIX 6.5.4 to 6.5.9

            ·Red Hat Linux 6.2 and 7.0, and 7.1

            系統(tǒng)庫文件變化

            對于IRIX系統(tǒng),從以前版本Materials Studio升級時需要SCSL Scientific Library 3.5。

            Materials Studio安裝光盤包含這個完整的庫文件,但必須單獨安裝。

            硬件要求變化

            客戶端最低CPU要求為Intel Pentium II或兼容處理器。

            許可改變

            在Windows和UNIX下。最新版的Accelrys Licen Pack——5.2版,都會作為Materials

            Studio安裝過程的一部分自動安裝。安裝過程中檢測到的先前版本的Licen Pack會自動升

            級到最新版。

            從Materials Studio 2.1開始,Accelrys Licen Pack用來管理Materials Studio的許可。

            由于這種提高,在UNIX和Windows平臺下,你可以和Accerlys其它使用Licen Pack的

            產(chǎn)品共享許可,這些產(chǎn)品包括Discover Studio、Cerius

            2

            、Insight Ⅱ

            Materials Studio簡介

            Materials Studio特點

            Materials Studio有一系列適合材料建模特點。Materials Visualizer為Materials Studio提

            供了核心的建模能力和軟件基礎(chǔ)。

            Materials Visualizer包括以下特點:

            ·模型三維可視化,有很多顯示樣式、參數(shù)和測量工具。

            ·草畫和編輯分子模型,包括金屬有機化合物。

            ·構(gòu)造晶體。

            ·構(gòu)造高聚物。

            ·構(gòu)造表面、層、真空板狀結(jié)構(gòu)。

            ·分子和周期系統(tǒng)的對稱性尋找及編輯工具。

            ·圖形、圖表和電子表格形式顯示數(shù)據(jù)。

            ·使用Materials Studio工程進(jìn)行數(shù)據(jù)處理。

            ·高質(zhì)量打印輸出。

            ·管理監(jiān)視服務(wù)器計算工作的工具。

            另外還有集成到Materials Studio中的獨立產(chǎn)品,它們建成了一個范圍廣泛的材料建模

            工具。

            ·Amorphous Cell-非晶態(tài)材料的建模和性質(zhì)預(yù)測,尤其適于高聚物、有機液體和它們

            的混合物。

            ·CASTEP-適用于固體材料的基于量子力學(xué)的第一原理平面波贗勢軟件。

            客戶機/服務(wù)器結(jié)構(gòu)

            注意。如果你要安裝除Materials Visualizer以外的Materials Studio產(chǎn)品,必須閱讀這段。

            什么是客戶機/服務(wù)器

            客戶機組件,如Materials Visualizer,請求服務(wù)器組件,如Discover,作一些計算。當(dāng)

            計算完成或達(dá)到一定的進(jìn)度,結(jié)果從服務(wù)器傳到客戶機。客戶機和服務(wù)器并不一定在同一臺

            電腦上運行。

            Materials Studio客戶機/服務(wù)器結(jié)構(gòu)怎樣工作的?

            Materials Studio使用了稱之為Disconnected Server結(jié)構(gòu)(DSA),DSA使用HTTP協(xié)議

            在客戶機/服務(wù)器間傳遞信息,就是運作Web的技術(shù)。

            客戶機/服務(wù)器間的信息傳遞由稱為網(wǎng)關(guān)的軟件處理,它安裝在服務(wù)器端。網(wǎng)關(guān)接受客

            戶機的工作提交并傳給安裝在服務(wù)器上的代碼,然后計算就開始了。網(wǎng)關(guān)也向客戶機報告計

            算進(jìn)度和結(jié)構(gòu)。

            你可以在任何電腦上建立網(wǎng)關(guān),無論是UNIX,Windows還是Linux,在任何你喜歡的

            服務(wù)器上進(jìn)行計算,如果Materials Studio服務(wù)器相關(guān)組件安裝在那臺電腦上。從客戶機上

            很容易安裝網(wǎng)關(guān)。

            如果有一臺PC運行Windows NT,2000或者XP操作系統(tǒng),你就可以在同一臺電腦上

            運行客戶程序和服務(wù)程序。

            下表列出了客戶機和服務(wù)器在不同操作系統(tǒng)下的要求:

            Clients

            Servers

            Windows 98 Windows NT Workstation 4.0 - SP6a

            Windows Millennium (Me) Windows NT Server 4.0 - SP6a

            Windows NT Workstation 4.0 - SP6a Windows 2000 Professional, Server, Advanced Server

            Windows 2000 Professional - Retail, SP1 - Retail, SP1 and SP2

            and SP2 Windows XP Home Edition

            Windows XP Home Edition Windows XP Professional

            Windows XP Professional

            Compaq ES/GS AlphaServers running Tru64 4.0F,

            4.0G, 5.1 or 5.1A

            SGI IRIX - 6.5.10 -6.5.16

            Red Hat Linux - 7.2 and 7.3 (Intel compatible)

            注意:Materials Studio 2.2 不再支持Red Hat Linux 6.2 和7.1,只支持Red Hat Linux 7.2

            和7.3。

            通過Materials Studio客戶機/服務(wù)器結(jié)構(gòu),你可以從PC客戶端向?qū)S玫腤indows

            NT/2000/XP、UNIX或Linux服務(wù)器提交計算。工作可以在不連接模式下計算,這樣他們與

            你PC上的資源無關(guān)。你可以在PC上注銷,工作照樣在服務(wù)器上運行。當(dāng)你重新在PC上

            登錄時,你可以看到計算進(jìn)度或結(jié)果。這些計算也可以在運行Windows NT/2000/XP的計算

            機上本機運行。

            客戶機可以在任務(wù)運行時和它傳遞信息。例如在分子動力學(xué)模擬過程中,模型和圖形可

            以動態(tài)更新,Discover發(fā)送回來的信息可以顯示在文本文件中。你可以按自己需要選擇這些

            的結(jié)合。任務(wù)和服務(wù)器狀態(tài)狀態(tài)都可以瀏覽。

            Materials Studio在哪里計算?

            Materials Studio不同模塊計算需要的資源不同。計算可以分為兩大類來考慮:

            A類——這些計算只需要很短的時間和很少的計算資源,它們并不經(jīng)過網(wǎng)關(guān)或客戶機/

            服務(wù)器結(jié)構(gòu)。這類模塊一直安裝在客戶端電腦里。

            B類——這類計算需要很長的時間和很多的計算資源,自然它們運行在專用的服務(wù)器

            上。它們以任務(wù)來運行,使用網(wǎng)關(guān),由客戶機/服務(wù)器結(jié)構(gòu)控制。這類模塊安裝在運行

            UNIX/Linux或Windows NT/2000/XP的服務(wù)器上。

            下表總結(jié)了此版Materials Studio每個模塊所屬計算種類和操作系統(tǒng)要求。

            Module

            Category

            Materials

            Visualizer

            Amorphous

            Cell

            CASTEP

            COMPASS

            Discover

            DMol

            3

            DPD

            Equilibria

            Forcite

            MesoDyn

            Reflex

            Reflex Plus

            VAMP

            1

            Windows Windows Windows Windows Windows Tru64

            98

            Me

            NT

            2000

            XP

            UNIX

            支持

            支持

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            IRIX

            支持

            支持

            支持

            支持

            支持

            支持

            支持

            Red Hat

            Linux

            支持

            支持

            支持

            支持

            支持

            支持

            支持

            N/A

            B

            B

            B

            B

            B

            B

            B

            A

            B

            A

            1,2

            B

            A

            1

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            VAMP和Reflex的Power Indexing組件只能以B類計算通過網(wǎng)關(guān)進(jìn)行。

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            X-Cell只能以B類計算通過網(wǎng)關(guān)進(jìn)行。

            Materials Visualizer

            Materials Visualizer是Materials Studio的核心模塊,提供建模、分析和可視化的工具。

            清晰直觀的用戶界面提供了高質(zhì)量的Windows標(biāo)準(zhǔn)環(huán)境,你可以添加任何其它的Materials

            Studio模塊。

            Materials Visualizer提供了快速直觀的工具,使你能構(gòu)造分子、晶體材料、表面、界面、

            層結(jié)構(gòu)和高聚物的圖形模型。你能操縱、查看并分析這些模型。Materials Visualizer也處理

            圖表、表格和文本數(shù)據(jù),提供軟件基礎(chǔ)和分析工具,以支持所以的Materials Studio產(chǎn)品。

            Materials Visualizer也可以單獨運行,來建立、顯示和編輯結(jié)構(gòu)。和其它Windows軟件

            交換數(shù)據(jù)是你輕易共享和報告結(jié)構(gòu)和數(shù)據(jù)。

            獲得Materials Visualizer幫助

            Materials Visualizer的幫助是Materials Studio在線幫助的核心部分,在所有Materials

            Studio安裝中都有。

            Amorphous Cell

            Amorphous Cell是建立復(fù)雜無定型系統(tǒng)代表性模型并預(yù)測主要性質(zhì)的一套計算工具。你

            能預(yù)測并研究的性質(zhì)包括內(nèi)聚能密度、狀態(tài)方程行為、鏈堆砌和局部鏈運動。Amorphous Cell

            創(chuàng)建結(jié)構(gòu)采用的方法是基于很好建立的產(chǎn)生包含鏈分子的疏松無序系統(tǒng)包含真實平衡構(gòu)象。

            其它的特點有建立包含小分子和高聚物任意比例混合的系統(tǒng)、產(chǎn)生有序向列相中間相和無定

            型材料厚板的專門功能,這適合于創(chuàng)建界面模型,用于研究粘著和潤滑。

            獲得Amorphous Cell幫助

            Amorphous Cell是一個模塊,你可以購買安裝進(jìn)Materials Studio。如果你已經(jīng)安裝了

            Amorphous Cell,Materials Studio在線幫助的目錄欄會出現(xiàn)有關(guān)Amorphous的幫助。

            CASTEP

            CASTEP最先由英國劍橋大學(xué)凝聚態(tài)理論小組開發(fā),它采用密度泛函理論模擬很大一類

            材料固體、界面和表面的性質(zhì)。CASTEP基于總能量的平面波贗勢理論,運用原子數(shù)目和種

            類來預(yù)測包括晶格參數(shù)、分子對稱性、結(jié)構(gòu)性質(zhì)、能帶結(jié)構(gòu)、固態(tài)密度、電荷密度和波函數(shù)、

            光學(xué)性質(zhì)。高效并行版本可以模擬包含數(shù)百原子的大系統(tǒng)。

            獲得CASTEP幫助

            CASTEP是一個模塊,你可以購買安裝到Materials Studio中。如果你已經(jīng)安裝了

            CASTEP,Materials Studio的在線幫助目錄中包括CASTEP的部分。

            Dmol3

            Dmol3是獨特的密度泛函理論量子力學(xué)軟件,可以研究氣相、溶液、表面和固體系統(tǒng)。

            由于它獨特的靜電學(xué)近似,Dmol3一直是最快的分子密度泛函計算方法之一,使用非局域化

            的分子內(nèi)坐標(biāo),可以快速優(yōu)化分子和固體系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)。使用LST/QST算法和共扼梯度結(jié)合,

            Dmol3可以有效地搜索過渡態(tài),避免了耗時的黑塞矩陣的計算。過渡態(tài)搜索功能可以應(yīng)用于

            分子和周期系統(tǒng)。

            獲得Dmol3幫助

            Dmol3是和Materials Studio集成在一起的。一旦你安裝了Dmol3,Materials Studio在線

            幫助目錄欄就包含Dmol3幫助的部分。

            PDP

            耗散系統(tǒng)粒子動力學(xué)(PDP)是動態(tài)模擬包含完備流體動力學(xué)相互作用的流體粒子。潛

            在的粒狀粗糙性使得模擬跨越了傳統(tǒng)分子模擬所達(dá)不到的長度和時間(在相同硬件上)。

            Materials Studio中的PDP的實現(xiàn)包括了由原子模擬繼承來的輸入?yún)?shù)的詳細(xì)指令。從更詳

            細(xì)的輸入模擬中引出輸入數(shù)據(jù)意味著系統(tǒng)潛在的化學(xué)性質(zhì)沒有丟掉,而是明確地包含在PDP

            運行中。PDP采用周期性邊界條件來有效模擬無限系統(tǒng)。封閉效應(yīng)可以通過使用二維板觀

            察出。Lees-Edwards邊界條件可以用來模擬剪切系統(tǒng)。表面張力和臨界膠束凝聚(critical

            micellar concentration)的性質(zhì)也能獲得,還有大量的可視化和數(shù)字輸出。

            獲得PDP幫助

            PDP是一個模塊,你可以購買并安裝到Materials Studio環(huán)境中,如果你安裝了PDP,

            Materials Studio的在線幫助目錄欄中會包含PDP幫助部分。

            Discover

            Discover提供了功能強大的原子模擬方法,適用于很大范圍的分子和材料。Discover是

            Materials Studio的“模擬引擎”。它集成了很大范圍已被證明適用于分子設(shè)計的分子力學(xué)和

            動力學(xué)方法。它使用精心設(shè)計的經(jīng)驗力場作為基礎(chǔ),可以有把握的計算最小能量構(gòu)象、分子

            系統(tǒng)一系列構(gòu)象和動態(tài)軌道。Discover為Amorphous Cell等模塊提供了計算基礎(chǔ)。周期性邊

            界條件可以用來模擬固態(tài)材料,無論是晶態(tài)還是無定型態(tài)或者是溶液。包羅萬象的分析特點

            使得能夠提取模擬的相關(guān)結(jié)構(gòu)。

            獲得Discover的幫助

            Euilibria

            Euilibria是用于確定有機分子和高聚物相圖的強大模塊。Equilibria使用基于吉布斯系綜

            的蒙特卡諾模擬發(fā)為基礎(chǔ)。

            這套工具可以計算純組元在給定溫度下汽-液共存點、二元和三元系在任意給定溫度和

            壓強下汽-液或液-液共存點。臨界常數(shù)工具可以根據(jù)補充的一系列純組元的共存點預(yù)測臨

            界點。使用這個強大的工具,依據(jù)Ising scaling law,從相圖上已知的幾個共存點就可以獲得

            純組元系統(tǒng)完整的相圖。它也有計算任意給定溫度下小分子的第二維里系數(shù)的功能。

            由于Euilibria完全集成在Materials Studio建模環(huán)境中,用戶可以采用一下合理的模擬

            過程:首先畫出組成分子自身,建立無定型原胞,接著進(jìn)行蒙特卡諾模擬,最后計算完整相

            圖。

            獲得Equilibria幫助

            Forcite

            Forcite是分子力學(xué)模塊,可以使用經(jīng)典力學(xué)對任意分子和周期系統(tǒng)進(jìn)行勢能和幾何優(yōu)

            化計算。Forcite支持COMPASS、UFF和Dreiding力場。藉由力場的廣泛性,F(xiàn)orcite原則

            上能處理任何材料。幾何優(yōu)化算法提供了最速下降發(fā)、共扼梯度發(fā)、準(zhǔn)牛頓發(fā)和完全牛頓

            Rhapson發(fā),還提供了連續(xù)使用這些方法的靈巧方法。這使得可以準(zhǔn)確地進(jìn)行能量最小化計

            算。

            獲得Dorcite幫助

            MesoDyn

            MesoDyn一直是研究大系統(tǒng)介觀尺度的動態(tài)方法。這種算法動態(tài)地跟蹤由化學(xué)勢梯度

            和Langevin噪音造成地組元密度場變化。系統(tǒng)不同組元間通過計算的能量或者Flory-

            Huggins參數(shù)的有效勢來相互作用。它是犧牲原子水平上的細(xì)節(jié)換取大系統(tǒng)和長時間的。

            MesoDyn可以容易地研究微相分凝(micropha paration)、膠束偏聚(micellar

            aggregation)和自組裝等現(xiàn)象。確定幾何行狀地剪切和限制效應(yīng)也可以研究。

            MessDyn的應(yīng)用包括:油漆和乳液、化妝品和其它個人用品、金屬高聚物混合材料、

            表面活性劑的溶解、復(fù)雜藥物緩釋物質(zhì)和很多其它方面。

            獲得MesoDyn幫助

            Reflex

            Reflex提供快速交互的粉末衍射數(shù)據(jù)模擬。使用Power Diffraction工具,模擬結(jié)構(gòu)以圖

            形顯示,便于理解。模擬結(jié)構(gòu)可以直接和試驗數(shù)據(jù)比較。模擬結(jié)果可以在結(jié)構(gòu)改變后立即更

            新,以便和試驗結(jié)構(gòu)實時比較。可以進(jìn)行X射線、中子和電子衍射模擬。

            Power Index工具可以自動或手動尋峰,使用TREOR90、DICVOL91、ITO15或最新的

            X-Cell程序索引并自動確定空間群。X-Cell是一個單獨授權(quán)的工具,可以安裝在Reflex

            模塊中。

            Power Refinement工具運行你修改Pawley refinement和Reitveld Refinement來最優(yōu)化粉

            末衍射模擬參數(shù)和晶體結(jié)構(gòu)以便使模擬結(jié)果和試驗結(jié)果盡可能一致。

            改變諸如衍射性質(zhì)、輻射種類、配置函數(shù)和試樣參數(shù)等變量是直接通過Materials Studio

            對話框進(jìn)行的。

            獲得Reflex幫助

            Reflex Plus

            Reflex Plus是Reflex的高級版本,在標(biāo)準(zhǔn)Reflex功能上加入了有效的粉末衍射結(jié)構(gòu)分

            析技術(shù)。它提供了從高質(zhì)量粉末衍射數(shù)據(jù)中確定晶體結(jié)構(gòu)的完整功能。

            Power Solver的方法:

            ·Reflex Power Indexing工具根據(jù)試驗的粉末衍射圖案索引確定晶胞參數(shù)和所屬晶類。

            ·在Reflex Power Refinement模塊中的改進(jìn)的Pawley程序精修晶胞參數(shù)、峰行狀和背

            景參數(shù),它也是減小可能所屬空間群的有用工具。

            ·Power Solve方法搜索晶胞中可能的原子分子排列。它找到模擬結(jié)構(gòu)盡可能與試驗結(jié)

            構(gòu)接近的結(jié)構(gòu)。

            ·最后的結(jié)果精修由Reflex中的rigid-body Rietveld Refinement功能完成。

            獲得Reflex Plus幫助

            VAMP

            VAMP是一個藝術(shù)級的半經(jīng)驗量子力學(xué)程序,用于模擬氣相和溶液中的反應(yīng)和性質(zhì)。

            此程序已被優(yōu)化的高度數(shù)值穩(wěn)定和快速,即使對大分子系統(tǒng)的計算也十分有效。

            VAMP在幾何和過渡態(tài)優(yōu)化和靜電學(xué)方面有很大改進(jìn)。它可以模擬溶解作用,計算偶極

            矩、極化率、電荷密度、靜電勢、熱力學(xué)性質(zhì)和

            13

            C化學(xué)位移等性質(zhì)。

            獲得VAMP幫助

            VAMP完全集成在Materials Studio環(huán)境中。你一旦安裝了VAMP,Materais Studio在線

            幫助目錄欄會有VAMP幫助部分。

            COMPASS

            COMPASS是支持凝聚態(tài)材料原子級模擬的功能強大的力場。COMPASS代表

            Condend-pha Optimized Molecular Potentials for Atomistic Simulation Studies(原子模擬研

            究的凝聚態(tài)優(yōu)化分子勢場)。

            COMPASS是第一個參數(shù)化和被凝聚態(tài)性質(zhì)驗證了的從頭計算力場,并加入了多種孤立

            系統(tǒng)模擬用的從頭計算和經(jīng)驗的數(shù)據(jù)。因此,這種力場能精確同時預(yù)測在很大溫度和壓強范

            圍內(nèi),很多種孤立系和凝聚態(tài)分子的結(jié)構(gòu)、構(gòu)象、振動和熱力學(xué)性質(zhì)。

            COMPASS 最近的改進(jìn)在參數(shù)化了45種無機氧化物材料和包含有機無機材料混合系統(tǒng)

            界面。

            COMPASS是一個獨立的產(chǎn)品,你可以購買并安裝進(jìn)Materials Studio。

            進(jìn)一步信息

            你可以在Accelrys站點獲得有關(guān)COMPASS的進(jìn)一步信息。

            COMPASS Contents

            (需要密碼)

            本地化

            Materials Studio能識別并正確處理不同地區(qū)的數(shù)據(jù)格式約定。例如:Materials Studio運

            行在配置為英語地區(qū)的PC上能正確地把1,000解釋為“一千”。但是,如果配置為德國地區(qū),

            Materials Studio把1,000解釋為“一點零零零”。

            一個例外是:由Materials Studio用戶界口和服務(wù)程序產(chǎn)生的大多數(shù)文本文件和超文本

            文件總是以英語約定習(xí)慣顯示在屏幕上,而不管當(dāng)前地區(qū)。

            這些顯示是只讀的,不會破壞原來數(shù)據(jù)。

            注意:演示部分的數(shù)據(jù)是以美國英語格式顯示。如果你的系統(tǒng)配置為其它地區(qū),在輸入

            數(shù)據(jù)前請轉(zhuǎn)換為當(dāng)時格式。

            例如,如果系統(tǒng)配置為德國地區(qū),演示部分要輸入5,000(五千),你應(yīng)該鍵入5.000 。

            印刷上的約定

            Materials Studio幫助使用以下印刷上的約定。

            ·描述界面元素的字用斜體。例如:

            選擇File | Printer tup…,然后單擊Landscape

            ·你鍵入的字用藍(lán)色。例如:

            鍵入180,并按回車。

            到幫助系統(tǒng)之外的鏈接,如到互聯(lián)網(wǎng)URL的鏈接,前有一個圖片。例如:

            Accelrys Materials Studio homepage

            鏈接會在一個新的瀏覽器窗口中打開。

            Accelrys信息資源

            提供有關(guān)Accelrys公司的全部新聞和信息。

            /materials/包含Accerys公司有關(guān)材料科學(xué)的全部產(chǎn)品和商業(yè)活

            動,包括產(chǎn)品細(xì)節(jié)、最新產(chǎn)品、應(yīng)用領(lǐng)域的背景信息、客戶學(xué)習(xí)和Accelrys公司的科學(xué)

            合作細(xì)節(jié)。

            /customer/ 為Accelrys產(chǎn)品用戶提供廣泛的信息,包括常見問

            題的回答、獲得支持的細(xì)節(jié)、用戶組織和會議的信息和只對合作伙伴開放需要密碼的資

            料。

            提供Accelrys站點與Materials Studio有關(guān)的所有產(chǎn)品

            和支持的快捷方式。

            其它信息資源

            Accelrys的發(fā)起者M(jìn)atHub,是網(wǎng)上計算材料科學(xué)的焦點。MatHub由兩部分組成—

            —引用頁和一本雜志。

            引用頁包括了材料建模和材料信息的背景信息、分子建模的歷史、計算技術(shù)采用的理論

            的有關(guān)解釋和建模在工業(yè)和教育上的應(yīng)用的信息。也有其它的鏈接、軟件、科學(xué)引文。

            雜志刊出觀點、評注和計算材料科學(xué)有關(guān)的當(dāng)前信息。

            Materials Studio界面

            Materials Studio Visualizer是符合微軟標(biāo)準(zhǔn)的應(yīng)用程序。它包含很多和其它微軟產(chǎn)品相

            似的用戶接口界面元素。其余的符合微軟標(biāo)準(zhǔn),但為Materials Studio所特有。

            下面顯示了Materials Studio界面。

            ?? Menus提供有關(guān)Visualizer的命令

            ?? Modules Menu提供了調(diào)用模塊的功能。模塊可以單獨購買,能增加Materials Studio

            的功能。

            ?? Toolbars提供調(diào)用模塊和其它常用命令的快捷方式。

            ?? Properties Explorer是查看和編輯對象屬性的接口。

            ?? Project Explore用來查看和處理屬于Materials Studio工程的文檔。

            ?? Job Explore可以便利地查看工程任務(wù),你可以查看并處理它們。

            ?? Visualizer底部的狀態(tài)條顯示有用提示和耗時操作的進(jìn)度。

            ?? Documents包含用來建模的數(shù)據(jù)。

            ?? 3D Visualizer提供三維模型文檔的三維視圖。這對顯示和處理原子和介觀尺度結(jié)構(gòu)

            是很重要的。

            ?? Chart Viewers提供圖形文檔的視圖,一般用來顯示二維x-y坐標(biāo)軸的數(shù)據(jù)。

            ?? Grid Viewers顯示表格文檔視圖,它是標(biāo)準(zhǔn)的電子表格的接口。

            ?? Text Viewer顯示簡單文本文件和復(fù)雜的超文本文件。

            ?? 對話框包含顯示詳細(xì)的選項的控件。

            ?? 鼠標(biāo)廣泛的用來交互控制文檔。

            ?? 超文本幫助為你使用Materials Studio提供詳細(xì)的幫助

            ?? 信息對話框警告錯誤發(fā)生或要求詳細(xì)信息。

            文檔

            Materials Studio使用文檔建模時創(chuàng)建和處理的數(shù)據(jù)。實際上,建模可被看作創(chuàng)建和編輯

            Materials Studio文檔的過程。Materials Studio文檔可以通過導(dǎo)入很多標(biāo)準(zhǔn)格式創(chuàng)建,也可以

            使用Materials Studio自己的格式創(chuàng)建和保存文檔。文檔可以顯示在相關(guān)的察看窗口或工程

            瀏覽窗口中。

            文檔可以使用拷貝和粘貼與其它程序交互數(shù)據(jù)。

            現(xiàn)在Materials Studio使用一下四種不同的文檔格式:

            ?? 3D模型文檔保存原子分子結(jié)構(gòu)。

            ?? 文本文檔保存純文本或HTML文件。

            ?? 圖形文檔保存數(shù)值結(jié)構(gòu)和分析。

            ?? 表格文檔包含表格數(shù)據(jù)。

            三維模型文檔

            三維模型文檔用來描述Materials Studio中的三維結(jié)構(gòu)。

            三維模型文檔,在三維視圖中顯示的靛藍(lán)晶體結(jié)構(gòu)

            Materials Studio中三維模型文檔有四種不同類別:

            ?? 三維原子文檔:包含諸如有機分子、高聚物、有機金屬化合物、框架結(jié)構(gòu)和分子晶

            體等的原子結(jié)構(gòu)。你可以使用Materials Visualizer中的atomistic building tools創(chuàng)建

            三維原子文檔。

            ?? 三維原子動畫:包含一系列相關(guān)的原子結(jié)構(gòu)或框架。原子動畫可以用Animation工

            具條的動畫按鈕控制放映。

            ?? 三維介觀文檔:包含介觀結(jié)構(gòu)。你可以在Materials Studio中創(chuàng)建空的三維介觀文

            檔,然后使用文件編輯工具從已存在的三維介觀文檔中拷貝內(nèi)容。這些工具在Edit

            菜單和Standard工具條。

            注意:不能在三維原子文檔和三維介觀文檔之間拷貝粘貼。

            ?? 三維介觀動畫:包含一系列的相關(guān)結(jié)構(gòu)結(jié)構(gòu)或框架。三維介觀動畫可以使用

            Animation工具條中的按鈕控制播放。

            所有的三維文檔都可以包含volumetic data,如電荷密度和等值面等。它們一般在3D

            Viewer中顯示。

            文本文檔

            Materials Studio中文本文檔包含純文本或超文本。它們用Text Viewer顯示。

            文本文檔,用Text Viewer顯示的靛藍(lán)粉末衍射指標(biāo)結(jié)果。

            圖形文檔

            圖形文檔包含二維數(shù)值數(shù)據(jù),如Materials Studio產(chǎn)生的結(jié)果和導(dǎo)入的試驗數(shù)據(jù)等。它

            們用Chart Viewer顯示。

            圖形文檔,Chart Viewer顯示的靛藍(lán)粉末衍射數(shù)據(jù)。

            表格文檔

            Materials Studio中表格文檔存儲表格數(shù)據(jù)。它們以Grid Viewer顯示為電子表格的形式。

            表格文檔,Grid Viewer顯示的靛藍(lán)的粉末索引數(shù)據(jù)。

            查看器

            Materials Studio包括幾種查看器。每種是用來顯示Materails Studio中一種文檔。

            Materails Studio中包括以下幾種查看器:

            ?? 3D Viewer

            ?? Chart Viewer

            ?? Grid Viewer

            ?? Text Viewer

            3D Viewer

            3D Viewer高質(zhì)量地重現(xiàn)創(chuàng)建或?qū)隡aterials Studio中的三維模型文檔。

            使用Materials Studio工具條中的工具和菜單中的選項,你可以編輯、旋轉(zhuǎn)、動畫顯示

            或給三維模型加注釋。

            許多命令在快捷菜單中也有。在3D Viewer中右擊鼠標(biāo),快捷菜單就會出現(xiàn)。

            3D Viewer顯示一種無機晶體結(jié)構(gòu)

            Chart Viewer

            Chart Viewer用來顯示一系列的由Materials Studio創(chuàng)建或從文件中載入的數(shù)據(jù),如二維

            圖形。你可以使用鼠標(biāo)鍵盤操縱圖形數(shù)據(jù)的顯示,包括刪除、改變比例、打印、保存或者拷

            貝等。

            Chart Viewer并選定了一個區(qū)域放大

            Grid Viewer

            Grid View可以為數(shù)據(jù)提供電子表格形式的顯示,這些數(shù)據(jù)可以由Materials Studio創(chuàng)建

            或從很多種類文件中導(dǎo)入。你可以選擇數(shù)據(jù)并拷到其它程序中。

            Grid Viewer顯示多個選區(qū)。

            Text Viewer

            Text Viewer可以顯示你創(chuàng)建或?qū)氲組aterials Studio中的文本文件或超文本文件。你

            可以把文本文件或超文本文件作為Materials Studio工程的一部分保存。

            在Text Viewer中,你可以編輯、剪切、拷貝、粘貼、刪除、保存和打印文本文件或超

            文本文件。

            這些命令在快捷菜單中也有。在Text Viewer中右擊鼠標(biāo),快捷菜單中就有這些命令。

            菜單

            Materials Studio中的命令在Materials Studio窗口上部的菜單條中。默認(rèn)有一下菜單:

            ?? File菜單

            ?? Edit菜單

            ?? View菜單

            ?? Modify菜單

            ?? Build菜單

            ?? Tools菜單

            ?? Modules菜單

            ?? Windows菜單

            ?? Help菜單

            許多常用的菜單命令在工具條中也有,這種命令對于的工具條圖標(biāo)也顯示在菜單命令的

            左邊。一些命令也有快捷鍵,這些快捷鍵在菜單命令的右邊顯示出來。

            File菜單

            File菜單包含文件和工程操作的命令,如打開、保存、導(dǎo)入、打印。

            File菜單

            它包含以下菜單項:

            New Project….:打開New Project對話框,可以創(chuàng)建新的Materials Studio工程。

            Open Project….:打開Open Project對話框,可以定位并打開Materials Studio工程。

            Save:在當(dāng)前工程中保存當(dāng)前文檔。

            Save As……:打開Save As對話框,在當(dāng)前工程中以新名字保存當(dāng)前文檔。

            Import….:打開Import Document對話框,可以在當(dāng)前工程中定位并導(dǎo)入文檔。

            Import URL…..:打開Import URL對話框,可以使用URL定位并導(dǎo)入文檔。

            Export….:打開Export對話框,可以使用任何Materials Studio支持的導(dǎo)出文檔格式在

            當(dāng)前工程外保存當(dāng)前文檔。

            Page Setup….:打開Page Setup對話框,包含以下選項卡:

            ?? Page Layout選項卡用來修改頁邊設(shè)置、頁面方向、打印邊界和特殊視圖設(shè)置,這

            些設(shè)置在Materials Studio打印輸出中用到。

            ?? Header/Footer選項卡用來編輯頁眉頁腳,這些會在每頁上都出現(xiàn)。

            Print….:打開Print對話框,可以設(shè)置打印參數(shù)并打印當(dāng)前文檔。

            Printer Setup….:打開Print Setup對話框,可以修改打印機參數(shù),包括紙張大小,打印

            分辨率等。

            Recent Files:顯示九個最近使用的文檔文件列表。

            Pecent Projects:顯示九個最近使用的工程文件列表。

            Exit:關(guān)閉Materials Studio。如果有未保存的工作,將會在程序關(guān)閉前提示是否保存。

            Edit菜單

            Edit菜單包括編輯被選擇的對象和使用剪貼板的命令。

            注意:本菜單的內(nèi)容隨著文檔類型的不同而不同。

            表格文檔的編輯菜單

            所有的編輯菜單都包含一下菜單項:

            Undo:撤銷上一次動作。

            Redo:重做上一次取消的動作。

            Cut:剪切當(dāng)前文檔中選擇的對象到剪貼板中。

            Copy:拷貝當(dāng)前文檔中選擇的對象到剪貼板中。

            Paste:粘貼剪貼板中的內(nèi)容到當(dāng)前文檔中。

            Delete:刪除當(dāng)前文檔中選擇的對象。

            Select All:選擇當(dāng)前文檔中的所以對象。

            三維模型文檔的Edit菜單

            另外,當(dāng)當(dāng)前文檔為三維模型文檔時,Edit菜單還包括:

            Inrt From…:讀入指定的文件內(nèi)容到當(dāng)前三維模型文檔中。這個命令會加和分子或

            晶體結(jié)構(gòu)中與體積有關(guān)的數(shù)據(jù)或從黑塞矩陣中讀出數(shù)據(jù)。

            Atom Selection:打開Atom Selection對話框,可以按原子的性質(zhì)不同來選擇結(jié)構(gòu)中的

            原子。

            Edit Sets:打開Edit Sets對話框,可以處理存在于三維模型文檔中的原子集合。

            Find Patterns:打開Find Patterns對話框,可以在當(dāng)前三維模型文檔中尋找在另一個文

            檔中出現(xiàn)的結(jié)構(gòu)模式。

            文本文檔Edit菜單

            當(dāng)文本文檔處于活動狀態(tài)時,Edit菜單還包括:

            Find….:打開Find對話框,可以在當(dāng)前文檔中搜索特定的字符串。

            超文本文檔Edit菜單

            當(dāng)超文本文檔處于活動狀態(tài),Edit菜單還包括:

            Edit Mode:提示當(dāng)前超文本文檔處于編輯模式。在編輯模式中,你可以在Text Viewer

            中編輯、剪切、拷貝、粘貼、刪除、保存和打印文件。

            Brow Mode:提示當(dāng)前超文本文檔處于瀏覽模式。瀏覽模式下文件以在Web瀏覽器

            中顯示的方式顯示。

            圖形文檔Edit菜單

            圖表文檔處于活動狀態(tài)時,Edit菜單還包括:

            Delect All:全部不選擇當(dāng)前文檔中的對象。

            Delete Graphs:打開Delete Graphs對話框,可以刪除指定圖形。

            View菜單

            View菜單包括改變Materials Studio的顯示外觀的命令,包括工具條、瀏覽器和狀態(tài)欄

            的顯示與否,工程日子和3D Viewer的顯示參數(shù)。

            注意:此菜單的內(nèi)容隨著活動文檔類型的不同而不同。

            標(biāo)準(zhǔn)View菜單

            所以View菜單包括以下菜單項:

            Toolbars:顯示所有Materials Studio的工具條列表,讓你可以選擇每一個工具條是否可

            見。

            Explorers:顯示所有Materials Studio的瀏覽器列表,可以選擇每一個瀏覽器是否可見。

            Status Bar:設(shè)置狀態(tài)欄是否可見。

            Project Log:顯示當(dāng)前工程的工程日志。

            三維模型文檔View菜單

            另外,當(dāng)前文檔為三維模型時,View菜單還包括:

            Display Style:打開Display Style對話框,改變結(jié)構(gòu)或選擇的原子的顯示樣式。

            Display Options:打開Display Options對話框,可以設(shè)置顯示三維結(jié)構(gòu)的顯示參數(shù)。

            Lighting:打開Lighting對話框,控制固體結(jié)構(gòu)顯示時的照明方式。

            Label:打開Label對話框,建立性質(zhì)標(biāo)簽并設(shè)置個性化文本標(biāo)簽。

            Modify菜單

            Modify菜單包括影響當(dāng)前窗口顯示對象的性質(zhì)的命令。

            Modify菜單

            它包括以下菜單項:

            Element Properties:打開Element Properties對話框,可以查看編輯元素性質(zhì),包括顯

            示顏色、原子半徑和原子質(zhì)量。

            Charges:打開Charges對話框,可以計算或設(shè)置原子電荷,定義電荷基團。

            Constraints:打開Edit Constraints對話框,定義原子位置、晶格參數(shù)、相互距離、角度

            和轉(zhuǎn)矩上的約束。

            Modify Element:顯示常見元素列表和元素周期表,你可以改變選擇原子的元素種類。

            Modify Bond Order:顯示不同的原子種類,可以改變所選原子的鍵種類。

            Modify Hybridization:顯示一系列不同氫鍵選項,可以改變所選原子的氫鍵。

            Adjust Hydrogen:計算所選原子或整體結(jié)構(gòu)的氫原子數(shù)量和位置。

            Build菜單

            Build菜單包含建立高聚物、晶體、表面和分層結(jié)構(gòu)的命令。

            Build菜單

            它包括以下菜單項:

            Build Polymers:顯示以下建立高聚物的選項。

            建立高聚物選項

            Homopolymer:打開Homopolymer對話框,建立不同取向和立構(gòu)規(guī)整度均聚物鏈。

            Block Copolymer:打開Block Copolymer對話框,可以建立不同取向和立構(gòu)規(guī)整

            度的嵌段共聚物和交替共聚物鏈。

            Random Copomer:打開Random Copolymer對話框,可以建立不同取向、不同立

            構(gòu)規(guī)整度和不同條件幾率的無規(guī)共聚物鏈。

            Dendrimer:打開Dendrimer對話框,可以建立樹狀晶。

            Repeat Unit:打開Repeat Unit對話框,包含從所選部分建立重復(fù)單元的選項。

            Branch Points:打開Branch Pointer對話框,可以在存在的重復(fù)單元上添加分支點

            或者修改已經(jīng)定義的分子點。

            Bonds:提供Bond Caculation對話框,可以使用指定條件計算當(dāng)前三維模型中原子間的

            鍵。

            Clo Contacts:提供Clo Contact Caculation對話框,可以使用指定條件計算當(dāng)前三

            維模型中原子間密堆積。

            H-Bonds:提供Hydrogen Bond Caculation對話框,可以使用指定條件計算當(dāng)前三維模

            型中的氫鍵。

            Build Layers:打開Build Layers對話框,可以由其它表面和晶體建立層狀結(jié)構(gòu)。

            Crystals:顯示下面創(chuàng)建晶體選項:

            晶體選項

            Build/Rebuild Crystal….:打開Build Crystal對話框,從它們的組成、指定對稱性

            建立晶體,查看和修改晶格參數(shù)。

            Build Vacuum Slab….:打開Build Vacuum Slab Crystal對話框,可以從表面創(chuàng)建晶

            體。

            Surfaces:顯示下列建立表面菜單:

            表面菜單選項

            Cleave Surface:打開Cleave Surface對話框,可以沿著指定方向剪切晶體,創(chuàng)建表

            面。

            Build/Rebuild Surface….:打開Build Surface對話框可以從組成元素、對稱性建立

            表面,查看編輯晶格參數(shù)。

            Add Atoms:打開Add Atoms對話框,可以向當(dāng)前文檔添加指定氧化態(tài)、占有率和原子

            溫度因子的原子。

            Symmetry:顯示下列對稱性選項:

            對稱性菜單項

            Show Symmetry:打開Show Symmetry對話框,顯示當(dāng)前結(jié)構(gòu)的對稱性信息。

            Lattice Parameters:打開Lattice Parameters對話框,可以顯示編輯當(dāng)前晶體或表面的

            晶格基矢的長度和夾角。

            Find Symmetry….:打開Find Symmetry對話框,可以尋找當(dāng)前晶體或非周期結(jié)構(gòu)的對

            稱性并應(yīng)用它。

            Unbuild Crystal/Surface:取消當(dāng)前建立的晶體或表面。

            Nonperiodic Superstructure:從無限晶體或表面中產(chǎn)生一個有限部分。

            Make P1/Make p1:從當(dāng)前晶體或表面中去掉除平移周期性以外的其它對稱性。

            SuperCell:打開SuperCell 對話框,從當(dāng)前晶體或表面建立一個超晶胞。

            Redefine Lattice:打開Redifine Lattice對話框,根據(jù)當(dāng)前已經(jīng)存在的晶體或表面,重新

            定義新的晶格矢量。

            Primitive Cell/Rhombohedral Reprentation:把當(dāng)前不是以原胞結(jié)構(gòu)顯示的晶體或表

            面結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)換為原胞結(jié)構(gòu)。

            Conventional Cell/Hexagonal Reprentation:把當(dāng)前不是以晶胞顯示的晶體或表面以

            晶胞顯示。

            Tools菜單

            Tools菜單包括操作當(dāng)前窗口中對象的命令,如查找等同原子、預(yù)覽反應(yīng)和振動分析。

            它也包括打開服務(wù)器控制窗口和選項對話框。

            注意:此菜單內(nèi)容隨著活動文檔類型的不同而不同。

            標(biāo)準(zhǔn)Tools菜單

            所有Tools菜單都包括以下菜單項:

            Server Console:打開服務(wù)器控制窗口,查看運行在服務(wù)器上的任務(wù)。

            Options….:打開選項對話框,包含以下選項卡:

            ?? General選項卡用來改變Materials Studio環(huán)境默認(rèn)設(shè)置。

            ?? Folder Locations選項卡用來改變Materials Studio使用的目錄位置。

            ?? Graphics選項卡用來改變Materials Studio默認(rèn)繪圖設(shè)置。

            三維模型文檔Tools菜單

            另外,當(dāng)三維模型文檔為當(dāng)前活動文檔時,Tools菜單還包括:

            Find Equivalent Atoms:打開Find Equivalent Atoms對話框,在當(dāng)前文檔中查找與出現(xiàn)

            在另一文檔中出現(xiàn)的等同的原子。原子匹配對于使用Reaction Preview對話框瀏覽反應(yīng)路徑

            是必須的。

            Reaction Preview:打開Reaction Preview對話框,可以在反應(yīng)物和化學(xué)反應(yīng)生產(chǎn)物之間

            使用內(nèi)插法確定反應(yīng)路徑。

            Vibrational Analysis:打開Vibrational Analysis對話框,可以在合適的三維模型文檔中

            計算分子的振動模式。

            Modules菜單

            Modules菜單提供使用你安裝了的Materials Studio模塊的方法。

            注意:此菜單隨著已經(jīng)安裝了的模塊的不同而不同。

            模塊菜單

            模塊菜單包括一些或全部下述菜單項:

            Amorphous Cell:提供Amorphous Cell模塊中的工具,可以建立復(fù)雜無定型系統(tǒng)中的

            代表性模型并預(yù)測它們的性質(zhì)。

            CASTEP:提供CASTEP模塊中的工具,可以進(jìn)行第一原理量子力學(xué)計算,研究如半

            導(dǎo)體、陶瓷、金屬、礦物和浮石等晶體或表面的性質(zhì)。

            Dmol3:提供Dmol3模塊中的工具,可以進(jìn)行基于泛函密度理論的量子力學(xué)計算,分析

            分子和周期系統(tǒng)。

            PDP:提供PDP模塊中的工具,可以進(jìn)行大尺度長時間的介觀動力學(xué)模擬。

            Discover:提供Discover經(jīng)典模擬模塊中的工具,可以優(yōu)化分子結(jié)構(gòu),計算電子經(jīng)典軌

            道,分析很大范圍內(nèi)的結(jié)構(gòu)和軌道的性質(zhì)。

            Equilibria:提供Equilibria模塊中的工具,可以確定烷烴和其它小分子結(jié)構(gòu)的相圖。

            Forcite:提供Forcite模塊中的分子動力學(xué)工具,可以研究很大范圍內(nèi)的系統(tǒng)。它最主

            要的近似是原子核運動所處的勢場用經(jīng)典力場代替。

            MesoDyn:提供MesoDyn模塊中的工具,可以研究復(fù)雜流體動力學(xué)和在大尺度長時間

            中的平衡狀態(tài)。

            Reflex:提供Reflex和Relex Plus模塊中的工具,可以查看、模擬、索引和精修粉末衍

            射的數(shù)據(jù),求解晶體結(jié)構(gòu)。

            VAMP:提供VAMP模塊中的工具,可以使用半經(jīng)驗量子力學(xué)算法模擬氣體和溶液中

            的反應(yīng)和性質(zhì)。

            Window菜單

            Window菜單包括組織顯示打開文檔窗口的命令。

            Window菜單

            它包括以下菜單項:

            Tile Horizontally:水平平鋪所以打開的文檔窗口。

            Tile Vertically:垂直平鋪所有打開的文檔窗口。

            Cascade:重疊顯示當(dāng)前工程中打開的窗口。

            Arrange Icons:在窗口左邊整齊顯示所有最小化的窗口。

            Clo All:關(guān)閉當(dāng)前工程中所有打開的窗口。

            Windows….:打開Windows對話框,管理已經(jīng)打開文檔的窗口。

            Help菜單

            Help菜單包括獲得Materials Studio幫助系統(tǒng)或其它在線信息的命令。

            Help菜單

            它包括以下菜單項:

            Help Topics:顯示Materials Studio Help Viewer。所有幫助主題都列在目錄欄。

            Using Help:顯示怎樣使用幫助的主題。

            Getting Started:顯示開始使用Maerials Studio的幫助主題,包括:

            ?? 安裝和系統(tǒng)需求。

            ?? 許可。

            ?? 從老版本升級。

            ?? 簡單演示

            Tutorials:顯示已安裝Materials Studio模塊的演示。

            Accelys on the Web:瀏覽Accelrys主頁。

            Materials Studio Home Page:瀏覽Materials Studio主頁

            About:顯示有關(guān)Materials Studio安裝的信息。

            Explorers菜單

            Materials Studio集成了幾個管理器。可以快速方便的瀏覽顯示數(shù)目較多的條目。Materials

            Studio包括以下管理器。

            ?? Project Explore

            ?? Properties Explore

            ?? Job Explore

            Project Explore

            Materials Studio運行你組織邏輯上有關(guān)的文檔成一個集合,稱之為工程。可以使用

            Project Explore查看屬于一個工程的文檔。

            Project Explore

            Project Explore在Materials Studio啟動時默認(rèn)打開的。View|Explorers|Project Explorer菜

            單命令可以控制它的顯示。

            Project Explorer中包括一個工程管理明理的快捷工具條,和工程文檔和目錄的管理器方

            式的視圖。在一項上面右擊鼠標(biāo),顯示工程管理器快捷菜單,包含所有適用的命令。

            一些Materials Studio模塊運行你自動或使用Modules工具條或Modules菜單中的Save

            Settings…選項在一個特定類型文檔中保存它們的當(dāng)前設(shè)置。這種文件在Project Explorer中

            以藍(lán)色并以相應(yīng)模塊的圖標(biāo)顯示,它名字后面加上相應(yīng)工具的名字。

            Materials Studio工程使用當(dāng)前文件夾的概念。當(dāng)Materials Studio創(chuàng)建或?qū)胛臋n時,文

            檔放在當(dāng)前文檔目錄中。當(dāng)前目錄是這樣確定的:

            1. 如果一個文件夾或最高級別的工程項選定,它就是當(dāng)前文件夾。

            2. 如果選擇的是一個文檔,它所在的目錄就是當(dāng)前目錄。

            當(dāng)前目錄在Project Explore中以黑體顯示。

            提示:Materials Studio創(chuàng)建的文檔擁有不同的擴展名(如:.xsd,.xgd,.txt等),在Project

            Explorer中同時看到文件名和擴展名是很有用的。

            如果Project Explore沒有顯示文件擴展名(如顯示3D Model Document,而不是3D Model

            ),你可以在Windows瀏覽器中修改文件夾選項。如下:

            1. 在Windows瀏覽器中(操作系統(tǒng)顯示文件的窗口)中選“視圖”菜單(在Windows

            Me和更新的系統(tǒng)中選“工具”菜單)。

            2. 在文件夾選項對話框中“查看”選項卡。

            3. “隱藏已知文件類型的擴展名”項不要選住。

            4. 按“確定”按鈕。

            5. 從啟動Materials Studio。

            Properties Explorer

            Properties Explore顯示在三維文檔或圖形文檔中選定的對象的屬性。對象包括圖形標(biāo)

            記、原子、鍵、分子等。當(dāng)選擇多個對象時,顯示它們的共同屬性。

            Properties Explore

            Materials Studio啟動時默認(rèn)不顯示Properties Explorer。你可以通過

            View|Explorers|Properties Explorer菜單命令控制它的顯示與否。

            你可以通過雙擊屬性列表中適當(dāng)?shù)娘@示欄來編輯屬性的值。雙擊時,顯示一個對話框,

            鍵入新值。對話框的類型根據(jù)屬性的不同而不同。

            Properties Explorer頂部的Filter顯示活動文檔中選定對象的類型。從Filter列表中選擇

            一直對象類型后Properties Explorer就只顯示那類對象的性質(zhì)。

            當(dāng)選定一種以上對象類型(Filter沒有設(shè)置為All),屬性列表只顯示選定對象的共有屬

            性。屬性的值只在所有選定的對象都有相同的值時才顯示。

            并不是所有的屬性都可以編輯。不能編輯的屬性以灰色顯示。

            注意:現(xiàn)在,automatic hydrogen adjustment(自動氫原子調(diào)整)在用Properties Explore

            改變原子和鍵的屬性后不會自動執(zhí)行。

            Job Explorer

            任務(wù)管理器提供輕松管理工程任務(wù)功能。你可以使用任務(wù)管理器查看操作屬于此工程的

            任務(wù)。

            Job Explorer

            第一次運行Materials Studio時Job Explore不顯示。你可以通過View|Explorers|Job

            Explorer菜單命令控制它的顯示。

            Job Explorer包括工程所屬任務(wù)的列表,不同列顯示任務(wù)的不同信息。默認(rèn)情況下,列

            表安順序包含以下列:

            ?? Description:任務(wù)的文本描述。

            ?? Job ID:任務(wù)的唯一的識別碼。

            ?? Gateway:運行此任務(wù)的機器及端口。

            ?? Server:任務(wù)使用的服務(wù)器程序。

            ?? Status:任務(wù)狀態(tài)。

            ?? Progress:任務(wù)以百分比顯示的進(jìn)度。

            ?? Start Time:任務(wù)開始時的日期和時間。

            ?? Results folder:結(jié)果將要保存到的目錄。

            你可以自定義這些列的顯示順序、寬度以及是否顯示,以便更好地顯示對你最重要的信

            息。

            工具條

            你可以使用工具條上的命令按鈕快速執(zhí)行常用命令。

            使用View菜單關(guān)閉或顯示工具條,也可以在一個工具條上右擊鼠標(biāo)顯示快捷菜單來控

            制菜單條的顯示。

            三維視圖工具條

            三維視圖工具條可以操縱處理顯示在三維窗口中的對象。

            它包括以下命令按鈕:

            Selection:進(jìn)入選擇對象模式。

            Rotation:進(jìn)入旋轉(zhuǎn)模式。

            Zoom:縮放模式

            Translation:平移模式。

            Ret View:復(fù)位到最初模式。

            Recenter View:安選定的原子或整個結(jié)構(gòu)在窗口中間顯示。

            Fit to View:把結(jié)構(gòu)縮放到適合窗口的大小。

            Display Style:顯示Display Style對話框,可以通過它改變選定原子或整個結(jié)構(gòu)的

            顯示方式。

            動畫工具條

            動畫工具條可以控制三維窗口中動畫文件的顯示。

            它包含以下命令:

            Play Backwards:倒映動畫文件。

            Step Backwards:每次向后放一幀。

            Stop:停止放映。

            Step Forwards:每次一幀加速放映。

            Play:放映動畫。

            Pau:暫停放映,再按一次后繼續(xù)放映。

            Animation Mode:顯示動畫模式下拉菜單,

            原子和鍵工具條

            原子和鍵工具條用來添加和操縱原子、鍵、閉環(huán)和氫鍵。

            它包含一些命令按鈕:

            Add Atoms:打開Add Atoms對話框,添加指定氧化態(tài)、占位數(shù)和原子溫度因子的

            原子。

            Calculate Bonds:顯示計算化學(xué)鍵下拉式菜單,包括以下選項:

            Calculate Bonds:下拉菜單

            Bond Options:打開Bond Calculation對話框。

            Calculate Bond Types:使用Bond Calculation對話框中設(shè)定的判斷條件,計算當(dāng)前文檔

            中化學(xué)鍵參數(shù)。

            Convert To Kekule:以也Kekule方式顯示選定的共振鍵,如果沒有選定的共振鍵,所

            有的共振鍵都轉(zhuǎn)變?yōu)镵ekule方式顯示。

            Convert To Resonant:以共振方式顯示選定的共振鍵,如果沒有選定的,所有的都以

            共振方式顯示。

            Delete Bonds:刪除選定的化學(xué)鍵,如果沒有選定的化學(xué)鍵,當(dāng)前文檔中所有的化學(xué)鍵

            都被刪除。

            Monitor Bondong:控制鍵監(jiān)視器的打開和關(guān)閉。

            Caculate Clo Contacts:顯示計算Clo Contacts下拉式菜單,打開Clo Contact

            Calculation對話框,刪除閉環(huán),控制閉環(huán)監(jiān)視器打開和關(guān)閉。

            Calculation Hydrogen Bonds:顯示計算氫鍵下拉式菜單,打開Hydrogen Bond

            Calculation對話框,刪除氫鍵,控制氫鍵監(jiān)視器的打開關(guān)閉。

            圖形視圖工具條

            圖形視圖包含操作圖形窗口中顯示的圖形的工具。

            它包括以下命令按鈕:

            Selection:在當(dāng)前圖形中進(jìn)入選擇模式。

            Zoom:縮放模式。

            Translation:平移模式。

            Peak Marker:進(jìn)入標(biāo)識模式,用來表示圖形中有特定意義的點,如最高峰。

            Point Indicator:進(jìn)入指示模式,可以選定或高亮顯示當(dāng)前圖形中的指定點。

            Ret View:圖形視圖復(fù)位。

            超文本格式工具條

            超文本格式工具條可以格式化超文本文檔。

            它包括以下命令按鈕:

            Font:字體格式下拉列表,設(shè)定選定文本字體。

            Bold:選定文本設(shè)為黑體,再按一次取消設(shè)置。

            Italic:選定文本設(shè)為斜體,再按一次取消設(shè)置。

            Underline:選定文本設(shè)置下劃線,再按一次取消設(shè)置。

            Align Left:選定文本左對齊。

            Align Center:選定文本中間對齊。

            Align Right:選定文本右對齊。

            Indent:選定文本左縮進(jìn)。

            Outdent:選定文本向左凸出。

            Number List:選定文本加入數(shù)字編號。

            Bullet List選定文本加入項目符號。

            Inrt Image:打開插入圖片對話框,可以瀏覽選定圖片插入,加上代替文字,控

            制導(dǎo)入圖片位置。

            Inrt Link:打開Hyperlink對話框,可以重選定文本創(chuàng)建超鏈接。

            Find Text:打開Find對話框,查找指定字符串。

            超文本表格工具條:

            超文本表格工具條可以創(chuàng)建修改超文本中的表格。

            它包括以下命令按鈕:

            Inrt Table:當(dāng)前光標(biāo)位置插入2×2的單元。

            Inrt Cell:緊挨光標(biāo)位置左側(cè)插入一個新的單元。

            Inrt Column:光標(biāo)位置左側(cè)插入一列。

            Inrt Row:光標(biāo)文字上方插入一行。

            Merge Cells:合并選定的單元。注意:只有相鄰的單元才可以合并。

            Split Cells:選定單元分為兩個。

            Delete Cell:刪除選定的單元。

            Delete Column:刪除選定列。

            Delete Row:刪除選定行。

            任務(wù)管理器工具條

            任務(wù)工具條可以管理Materials Studio工程中的任務(wù)。

            它包含以下命令按鈕:

            Job Log:打開選定任務(wù)的任務(wù)日志窗口。

            Stop:停止選定的任務(wù)。

            Properties:顯示選定任務(wù)的屬性對話框。

            Customize:自定義任務(wù)管理器各列的顯示方式,打開Job Explore Customize對

            話框。

            Help:顯示任務(wù)管理器的幫助信息。

            模塊工具條

            模塊工具條提供使用你已經(jīng)安裝的模塊的命令。

            注意:本工具條的內(nèi)容隨著你安裝的模塊的不同而不同。

            它包括以下命令按鈕:

            Amorphous Cell:提供Amorphous Cell模塊中的工具,可以建立復(fù)雜無定型系統(tǒng)

            中的代表性模型并預(yù)測它們的性質(zhì)。

            CASTEP:提供CASTEP模塊中的工具,可以進(jìn)行第一原理量子力學(xué)計算,研究

            如半導(dǎo)體、陶瓷、金屬、礦物和浮石等晶體或表面的性質(zhì)。

            Dmol3:提供Dmol3模塊中的工具,可以進(jìn)行基于泛函密度理論的量子力學(xué)計算,

            分析分子和周期系統(tǒng)。

            PDP:提供PDP模塊中的工具,可以進(jìn)行大尺度長時間的介觀動力學(xué)模擬。

            Discover:提供Discover經(jīng)典模擬模塊中的工具,可以優(yōu)化分子結(jié)構(gòu),計算電子

            經(jīng)典軌道,分析很大范圍內(nèi)的結(jié)構(gòu)和軌道的性質(zhì)。

            Equilibria:提供Equilibria模塊中的工具,可以確定烷烴和其它小分子結(jié)構(gòu)的相

            圖。

            Forcite:提供Forcite模塊中的分子動力學(xué)工具,可以研究很大范圍內(nèi)的系統(tǒng)。它

            最主要的近似是原子核運動所處的勢場用經(jīng)典力場代替。

            MesoDyn:提供MesoDyn模塊中的工具,可以研究復(fù)雜流體動力學(xué)和在大尺度長

            時間中的平衡狀態(tài)。

            Reflex:提供Reflex和Relex Plus模塊中的工具,可以查看、模擬、索引和精修粉

            末衍射的數(shù)據(jù),求解晶體結(jié)構(gòu)。

            VAMP:提供VAMP模塊中的工具,可以使用半經(jīng)驗量子力學(xué)算法模擬氣體和溶

            液中的反應(yīng)和性質(zhì)。

            工程工具條

            工程工具條用來打開和保存工程。

            它包括以下命令按鈕:

            Open Project:打開Open Project對話框,可以定位并打開Materials Studio工程。

            Save Project:保存當(dāng)前工程。

            工程管理器工具條

            工程管理器用來管理Materials Studio的工程。

            它包括以下命令按鈕:

            Open:在合適的窗口中打開選定的文檔。

            Delete:從磁盤上刪除工程里的選定的文檔。

            New Folder:在選定的目錄中建立一個新目錄,以New Folder為文件夾名,輸入新

            的名字或按ESC退出修改文件夾名。

            Refresh:刷新工程管理器的內(nèi)容。

            Help:顯示工程管理器的幫助信息。

            搖動和旋轉(zhuǎn)工具條

            搖動和旋轉(zhuǎn)工具條可以以不同的方向旋轉(zhuǎn)三維文檔的內(nèi)容。

            它包括以下的命令按鈕:

            Spin:當(dāng)前三維模型繞虛擬Y軸自旋。

            Rock:當(dāng)前三維模型繞虛擬Y軸搖擺,先沿一個方現(xiàn),再沿另一個方向。

            Roll:當(dāng)前三維模型繞虛擬X軸自旋。

            草畫工具條:

            草畫工具條可以在三維窗口中建立和修改模型。

            它包括以下命令按鈕:

            Sketch Atom:進(jìn)入草畫原子模式,可以創(chuàng)建和修改原子和鍵。

            Sketch Atom to U:指定供畫原子使用的元素。

            Sketch Ring:進(jìn)入畫環(huán)模式,可以創(chuàng)建和融合原子環(huán)。

            Sketch Fragment:進(jìn)入畫原子團模式,可以建立、旋轉(zhuǎn)和融合原子團,以及添

            加到模型中去。

            Measure/Change:顯示測量/改變下拉列表,可以量度并改變?nèi)S原子中原子距

            離、角度、轉(zhuǎn)矩。

            Clean:優(yōu)化選定的原子團或整個結(jié)構(gòu)的幾何構(gòu)形。

            Adjust Hydrogen:調(diào)整選定的原子或整個結(jié)構(gòu)的氫原子數(shù)目和位置

            Modify Element:顯示元素周期表,可以改變選定原子的元素類型。

            Modify Bond Type:顯示鍵類型下拉列表,可以改變選定鍵的種類。

            Modify Hybridization:顯示雜化下拉列表,可以改變選定原子的雜化類型。

            標(biāo)準(zhǔn)工具條

            標(biāo)準(zhǔn)工具條包括進(jìn)行文件操作,如導(dǎo)入、保存和打印。

            它包括以下命令按鈕:

            New Document:打開New Document對話框,或顯示新建文檔下拉列表框,可

            以從中選擇新建文檔的類型。

            Save:保存當(dāng)前文檔。

            Iport:打開Import Document對話框,向工程中定位并導(dǎo)入文檔。

            Import URL:打開Import URL對話框,可以使用URL定位并導(dǎo)入文檔。

            Print:打開打印對話框,可以設(shè)置打印參數(shù),打印當(dāng)前文檔。

            Undo:取消上一次動作。

            Redo:重做上一次取消的動作。

            Cut:剪切當(dāng)前文檔中選定的對象,保存到剪貼板中。

            Copy:從當(dāng)前文檔中選定的對象到剪貼板中。

            Paste:向當(dāng)前文檔中粘貼剪貼板中的內(nèi)容。

            對稱性工具條

            對稱性工具條使你可以確定模型的對稱性并應(yīng)用對稱性到它上面。

            它包括以下命令按鈕:

            Show Symmetry:打開Show Symmetry(顯示對稱性)對話框,顯示當(dāng)前晶體或表

            面的對稱性的附加信息。

            Lattice Parameters:打開Lattice Parameters(晶格參數(shù))對話框,查看編輯當(dāng)前晶

            體或表面的晶格基矢的長度和夾角。

            Find Symmetry:打開Find Symmetry對話框,可以尋找并應(yīng)用當(dāng)前晶體、表面或

            非周期結(jié)構(gòu)的對稱性。

            體積可視化工具條

            體積可視化工具條提供有關(guān)建立和顯示等值面和體積型數(shù)據(jù)(場)切片的工具。

            它包括以下命令按鈕:

            Volumetric Selection:打開Volumetric Selection(體積選擇)對話框,可以控制場、

            等值面和切片的選擇和可見性。

            Color Maps:打開Color Maps(顏色映射)對話框,控制數(shù)值如何從場、等值面和

            切片映射到顏色。

            Create Slice::為選定的場建立等值面。對于選定的場,默認(rèn)使用的等值是場數(shù)值

            的平均值。你可以使用Display Style對話框中Isosurface選項頁的設(shè)置來自定義等值面的顯

            示。

            Create Slices:為當(dāng)前選定的場建立切片。切片的位置對選定的場是最合適的。

            通過使用下拉菜單,你可以選擇切片平行于場體積界限的任一邊。你可以使用Display Styles

            對話框中的Slice選項頁的設(shè)置來自定義切片顯示方式。

            View along Slice Normal:旋轉(zhuǎn)模型,讓選定的切片平行于屏幕顯示。

            Fit Slices:調(diào)整選定的切片的位置,使其對當(dāng)前選定的對象最合適。也可以使用

            下拉菜單,選擇指定的切片和場體積邊界平面對齊。

            Field Distribution:為選定的場或全部場進(jìn)行值分布分析,結(jié)果在新的圖形文檔中

            顯示。

            狀態(tài)欄

            狀態(tài)欄顯示在Materials Studio窗口的底部。它顯示對當(dāng)前活動的有用信息。

            例如,鼠標(biāo)指到命令菜單,狀態(tài)欄就顯示命令菜單的描述。鼠標(biāo)放在工具條按鈕上一會,

            就會出現(xiàn)黃色的提示。

            象三維窗口等窗口可能在狀態(tài)欄顯示信息或提示,以便更好的使用。

            狀態(tài)欄中靠右邊是一個凹進(jìn)去的進(jìn)度提示器。當(dāng)長時間操作時,進(jìn)度條顯示已經(jīng)完成多

            少和剩下多少。操作在進(jìn)行時,一個小的紅色x會出現(xiàn)在進(jìn)度條的右邊,你可以在“x”上

            單擊來取消當(dāng)前操作。

            對話框

            Materials Studio中的許多命令都顯示對話框。對話框是一個窗口,其中包含一系列的分

            成類的選項,方便你控制Materials Studio中的建模和分析活動。

            很多菜單有幾種打開的方法,可能包括選擇菜單命令、單擊工具條按鈕、在屬性管理器

            的屬性上雙擊、選擇快捷菜單中的命令。

            每個對話框包括一些選項地集合,來設(shè)置一個特定任務(wù)。對話框也包括Help幫助按鈕,

            單擊后打開一個描述此對話框和它的目的的幫助主題。

            對話框的例子。

            使用鼠標(biāo)

            在Materials Studio中,鼠標(biāo)用來編輯文檔和獲取程序命令,包括選擇結(jié)構(gòu)組成、修改

            結(jié)構(gòu)組成的位置、平移、旋轉(zhuǎn)和縮放結(jié)構(gòu)的顯示。

            鼠標(biāo)鍵盤命令

            默認(rèn)模式和命令

            三維窗口可以在不同模式中,如選擇、旋轉(zhuǎn)、縮放等。根據(jù)這些模式確定鼠標(biāo)

            左鍵具體執(zhí)行什么命令。

            有些鼠標(biāo)鍵盤命令不管視圖處于什么模式都可以使用,這稱為默認(rèn)命令,它們

            可以在任何模式中使用。其它命令只適于特定模式。圖形窗口(Chart

            View)也這樣。

            2. 默認(rèn)視圖改變命令

            功能

            復(fù)位到原來位置

            平移

            平移

            平移

            縮放

            放大

            縮小

            放大特定區(qū)域

            繞X Y軸旋轉(zhuǎn)

            繞Z軸旋轉(zhuǎn)

            繞X軸旋轉(zhuǎn)

            繞Y軸旋轉(zhuǎn)

            Z軸旋轉(zhuǎn)

            繞X軸順時針旋轉(zhuǎn)45°

            繞X軸逆時針旋轉(zhuǎn)45°

            繞Y軸順時針旋轉(zhuǎn)45°

            繞Y軸逆時針旋轉(zhuǎn)45°

            3. Default lection:

            功能

            選定單個對象

            取消選定

            切換對象選擇

            加入選擇對象

            重新索套選取

            切換索套選取

            添加索套選取

            重新開始矩形選取

            切換矩形選取

            加入矩形選取

            取消選擇

            選擇父結(jié)構(gòu)

            全部選擇

            同種類型的全部選定

            按鍵

            Home

            鼠標(biāo)中鍵拖動

            鼠標(biāo)滾輪拖動

            ALT + 鼠標(biāo)右鍵拖動

            鼠標(biāo)左右鍵一起拖動

            +

            -

            R + 左鍵拖動

            窗口中間右鍵拖動

            窗口邊緣右鍵拖動

            X + 右鍵拖動

            Y + 右鍵拖動

            Z +右鍵拖動

            向上鍵

            向下鍵

            向左

            向右

            按鍵

            單擊對象

            空白處單擊

            CTRL + 鼠標(biāo)單擊

            SHIFT +鼠標(biāo)單擊

            Q + 鼠標(biāo)左鍵拖動

            Q + CTRL +鼠標(biāo)左鍵拖動

            Q + SHIFT +鼠標(biāo)左鍵拖動

            E +鼠標(biāo)左鍵拖動

            E + CTRL +鼠標(biāo)左鍵拖動

            E + SHIFT +鼠標(biāo)左鍵拖動

            CTRL + D

            單擊對象

            CTRL + A

            ALT + 雙擊對象

            切換就是原來選定的又被選定后就不選了,加入就是原來選定的又被選定后還

            是選定。

            4. 默認(rèn)結(jié)構(gòu)編輯

            功能

            剪切

            拷貝

            粘貼

            刪除

            X-Y平面內(nèi)平移選定的對象

            X-Y平面內(nèi)平移選定的對象

            相對屏幕水平移動選定對象

            相對屏幕豎直移動選定對象

            相對屏幕垂直移動選定對象

            相對屏幕水平移動選定對象

            相對屏幕豎直移動選定對象

            相對屏幕垂直移動選定對象

            沿著XY軸旋轉(zhuǎn)選定對象

            沿著Z軸旋轉(zhuǎn)選定對象

            繞X軸旋轉(zhuǎn)選定對象

            Rotate lected objects about Y

            Rotate lected objects about Z

            選擇模式下:

            功能

            選擇多個對象

            取消選擇

            旋轉(zhuǎn)模式下:

            功能

            繞XY軸旋轉(zhuǎn)

            縮放模式下:

            功能

            縮放

            平移模式下

            功能

            按鍵

            CTRL + X

            CTRL + C

            CTRL + V

            DELETE

            SHIFT + 鼠標(biāo)中間拖動

            SHIFT + ALT + 鼠標(biāo)右鍵拖動

            SHIFT + X +鼠標(biāo)中間拖動

            SHIFT + Y +鼠標(biāo)中間拖動

            SHIFT + Z +鼠標(biāo)中間拖動

            SHIFT + ALT- 鼠標(biāo)水平移動

            SHIFT + ALT- 鼠標(biāo)豎直移動

            SHIFT + ALT- Z-鼠標(biāo)移動

            SHIFT + 鼠標(biāo)右鍵在靠近窗口中央拖動

            SHIFT + 鼠標(biāo)右鍵窗口邊緣拖動

            SHIFT + X +鼠標(biāo)右鍵拖動

            SHIFT + Y +鼠標(biāo)右鍵拖動

            SHIFT + Z +鼠標(biāo)右鍵拖動

            按鍵

            鼠標(biāo)左鍵拖過對象

            鼠標(biāo)左鍵在空白處拖動

            按鍵

            鼠標(biāo)左鍵拖動

            按鍵

            鼠標(biāo)左鍵拖動

            按鍵

            平移

            鼠標(biāo)左鍵拖動

            草畫原子模式下:

            功能

            開始添加原子

            在已有原子上再加原子

            創(chuàng)建化學(xué)鍵

            XY方向平移原子

            合并兩個原子

            移動已畫原子

            前后移動已畫的原子

            改變已畫化學(xué)鍵的長度

            添加原子并停止草畫

            停止草畫

            停止草畫

            改變化學(xué)鍵的數(shù)目

            在化學(xué)鍵中插入原子

            替換元素

            按鍵

            空白處單擊鼠標(biāo)

            在原子上單擊

            先后單擊這兩個原子

            單擊原子并拖動。

            把一個拖到另一個上

            鼠標(biāo)拖動它

            ALT + 鼠標(biāo)左鍵拖動

            SHIFT + ALT +鼠標(biāo)左鍵拖動

            左鍵雙擊

            ESC

            單擊活動窗口以外地方

            單擊化學(xué)鍵

            ALT + 單擊化學(xué)鍵

            ALT +單擊原子

            說明:以上有些命令要注意按鍵順序,多試一下。

            畫環(huán)模式下:

            功能

            創(chuàng)建新環(huán)

            創(chuàng)建芳香環(huán)

            向已存原子上添加環(huán)

            向已存原子上添加芳香環(huán)

            把環(huán)加到已存化學(xué)鍵上

            把芳香環(huán)加到已存化學(xué)鍵上

            旋轉(zhuǎn)已畫環(huán)

            選擇新環(huán)的原子數(shù)目

            按鍵

            空白處單擊

            ALT + 空白處單擊

            此原子上單擊

            ALT + 單擊此原子

            單擊化學(xué)鍵

            ALT +單擊化學(xué)鍵

            左鍵拖動

            數(shù)字鍵3-8

            畫原子團片斷

            功能

            建立獨立原子團

            按鍵

            空白處單擊

            向原子上添加原子團 單擊頭上的原子

            添加原子團并旋轉(zhuǎn) 在頭上原子單擊并拖動

            結(jié)合兩個原子團片斷 ALT +分別單擊兩個原子團頭上的原子

            改變原子團結(jié)合點 雙擊原子團頭上的原子

            “頭上”原子指原子團中只有一個化學(xué)鍵的原子

            測量/改變模式下:

            功能

            建立新的監(jiān)視器

            使能監(jiān)視器

            使監(jiān)視器不活動

            修改活動監(jiān)視器

            改變活動監(jiān)視器中的固定原子

            取消測量設(shè)定

            取消測量設(shè)定

            按鍵

            單擊原子或鍵

            單擊不活動的監(jiān)視器

            單擊監(jiān)視器

            鼠標(biāo)左鍵拖動

            ALT + 鼠標(biāo)左鍵拖動

            ESC

            活動窗口外單擊

            監(jiān)視器就是設(shè)置的一個實時顯示原子距離、角度、轉(zhuǎn)矩的東西

            幫助

            Materials Studio有一個綜合的在線超文本幫助系統(tǒng),包括基本理論和演示、界面描述和

            程序幫助主題。

            可以通過不同方式得到幫助:

            ?? 從Help菜單中選擇一個命令。

            ?? 單擊對話框底部的Help按鈕,顯示與那個對話框有關(guān)的信息。

            ?? 按F1鍵獲得一般幫助。

            ?? 在管理器和窗口中右擊鼠標(biāo),顯示快捷菜單,選擇Help命令顯示相關(guān)信息。

            消息

            Materials Studio有時要獲得更進(jìn)一步的信息,或者警告你進(jìn)行的動作可能帶來破壞性后

            果。在這種情況下,Materials Studio顯示一個小窗口(一般在屏幕中央)提問一個問題或者

            警告你。

            消息窗口通常包括一個幫助按鈕,你可以獲得有關(guān)這個消息產(chǎn)生原因和可能后果的更多

            信息。

            使用HTML幫助察看器

            開始

            Materials Visualizer模塊

            經(jīng)典模擬理論

            Amorphous Cell模塊

            CASTEP力場

            Dmol

            3

            模塊

            PDP模塊

            Discover模塊

            Equilibria模塊

            Forcite模塊

            MesoDyn模塊

            Reflex模塊

            VAMP模塊

            安裝和許可

            演示(只有快速瀏覽部分)

            快速瀏覽部分向你介紹Materials Studio的基本的特點。閱讀或操作過這些

            演示后,你就有開始使用Materials Studio的基本知識了。

            創(chuàng)建工程

            目的:介紹Materials Studio中工程的概念。

            模塊:Materials Visualizer

            預(yù)先知識:不需要。

            提示:這些演示最好執(zhí)行時顯示出文件擴展名。如果擴展名沒顯示,在操作系統(tǒng)

            中設(shè)置。

            為了使文檔便于管理,工作流暢,Materials Studio使用了工程的概念。你可以使

            用工程管理器查看管理工程數(shù)據(jù)。工程使得你可以保存、重新裝入和共享

            Materials Studio工程文件,并可以單個文件或整個工程的形式給其他人發(fā)送數(shù)據(jù)

            和結(jié)果。

            本演示現(xiàn)你介紹如何建立新工程。創(chuàng)建的工程可以用在其它演示部分。

            注意:你不能在運行Materials Studio時既不創(chuàng)建新工程也不打開已有工程。

            1.運行Materials Studio.

            開始Materials Studio時,它打開“Welcome to Materials Studio”對話框,你必須

            選擇創(chuàng)建新工程或者打開已經(jīng)存在的工程。第一次運行Materials Studio時,可

            能顯示“Materials Studio File Associations”對話框。按照提示進(jìn)行,按OK按鈕。

            (怎樣做不要緊的)

            2.建立工程

            在“Welcome to Materials Studio”對話框中,選擇創(chuàng)建新工程,按OK。然后顯

            示New Project對話框,選擇文件位置,鍵入文件名“my quickstart”,按OK。

            這創(chuàng)建了一個稱為my quickstart的工程。工程管理器會顯示為:

            你就創(chuàng)建了一個新的Materials Studio工程。

            打開并顯示三維文檔

            目的:介紹Materials Studio中文檔的概念

            模塊:Materials Visualizer

            先前知識:建立工程

            Materials Studio可以使用幾種類型的文檔——三維原子和分子模型、文本、圖形

            和表格文檔。在此部分,你要和三維原子模型文檔打交道。文檔用工程來管理,

            工程記錄了文檔創(chuàng)建和保存的有關(guān)信息。

            1. 調(diào)整顯示樣式。

            在Materiasl Visualizer中,你可以在3D Viewer中打開調(diào)整機構(gòu)圖形顯示選項。

            選擇菜單中選擇File | Import,顯示出Import Document(導(dǎo)入文檔)對話框。

            注意,這個對話框也可以通過使用標(biāo)準(zhǔn)工具條中的導(dǎo)入按鈕

            打開。

            在導(dǎo)入文檔對話框中,選擇Examples | Documents | 3D Model | 文件,點

            擊Import(導(dǎo)入)。

            一個包含theta浮石結(jié)構(gòu)晶胞的窗口顯示出來。在工程管理器中顯示出了一個叫

            的文件。

            注意:文件擴展名已經(jīng)變?yōu)?xsd,是Materials Studio直接支持的基于XML的三

            維模型文檔格式。

            在3D窗口中右擊鼠標(biāo),顯示快捷菜單,選擇Display Style(顯示樣式)命令。

            快捷菜單如下:

            Display Style命令打開Display Style對話框。

            在Atom選項卡,試著按Display style部分的每個按鈕,看一下結(jié)構(gòu)分別用線型、

            棍型、球棍模型、CPK模型和多面體模型顯示的效果。最后回到CPK顯示模式。

            然后按Display Style對話框中Lattice(晶胞)選項卡。Lattice選項卡設(shè)置晶格顯示

            方式。在晶胞選項卡中,分別單擊None、Dashed(虛線)、Solid(實線)、Cylinder

            (柱線)。注意它們以不同的方式顯示晶胞的邊。最后設(shè)為實線。

            Display Style對話框還有fields(場), isosurfaces(等值面), slices(片), measurements

            (測量), mesoscale molecules(介觀分子) and temperature factors(溫度因子)

            等選項卡。

            在3D窗口中右擊鼠標(biāo),選擇Lighting(照明)命令。打開照明對話框,左邊是

            由一個球和一個箭頭組成的預(yù)覽框。你最多可以設(shè)置三個光源。在球上移動鼠標(biāo),

            當(dāng)鼠標(biāo)變成手的行狀后,按住左鍵拖動鼠標(biāo),就可以改變由箭頭指示的光源方向。

            當(dāng)你移動箭頭時,三維文檔的照明方式隨之改變。

            關(guān)閉照明對話框。在Display Style顯示方式對話框中Atom原子選項卡按Ball and

            Stick(球棍模型)按鈕,關(guān)閉Display Style對話框。

            2. 改變?nèi)S結(jié)構(gòu)的視圖。

            三維結(jié)構(gòu)可以通過使用三維窗口工具條中很多的按鈕操作。

            三維窗口工具條。

            你可以通過選擇Rotation

            (旋轉(zhuǎn))

            , Zoom

            (縮放)

            , and Translation

            (平移)

            來簡

            單操作三維窗口中的結(jié)構(gòu)。按其中一個按鈕,然后在三維窗口中拖曳,就能引起

            相應(yīng)的動作。

            Rotation:選擇結(jié)構(gòu)。

            Zoom: 向上或向右拖動放大結(jié)構(gòu),向下或向左縮小結(jié)構(gòu)。

            Translation: 平移。

            在任何模式中,都可以通過鼠標(biāo)和鍵盤的組合方式進(jìn)行旋轉(zhuǎn)、縮放或者平移。鼠

            標(biāo)左鍵可以在任何情況下進(jìn)行旋轉(zhuǎn)。Materials Studio采用軌跡球的旋轉(zhuǎn)方式。經(jīng)

            過窗口中心移動鼠標(biāo)使圖形向鼠標(biāo)移動方向旋轉(zhuǎn)。沿窗口邊緣旋轉(zhuǎn)使圖形繞垂直

            于屏幕的軸旋轉(zhuǎn)。

            在平移模式下用右鍵旋轉(zhuǎn)視圖,

            以下改變模型位置。

            Fit to View: 根據(jù)窗口大小選擇合適的結(jié)構(gòu)大小。

            Recenter: 不改變結(jié)構(gòu)大小,把它移動到窗口中間。

            Ret View: 把結(jié)構(gòu)的位置和大小復(fù)位。

            3. 選擇不同類型的對象。

            選擇模式用來選擇三維窗口中的對象。

            在三維窗口工具條,按選擇模式按鈕,選定TON結(jié)構(gòu)的一個原子。選定的原子

            顏色變?yōu)辄S色。然后單擊一個化學(xué)鍵,鍵的顏色變?yōu)辄S色,表示它被選定。

            按下左鍵斜對角拖出矩形區(qū)域,這樣畫出了一個選區(qū),在里面的對象(此例中是

            原子和鍵)都會被選定。

            雙擊TON結(jié)構(gòu)中任一原子會選定整個結(jié)構(gòu)。

            單擊或雙擊三維窗口中除了結(jié)構(gòu)以外的其它地方將會撤銷旋轉(zhuǎn)。然后關(guān)閉三維窗

            口,提示是否保存結(jié)構(gòu),選擇是。

            鼠標(biāo)和鍵盤命令

            默認(rèn)模式和命令

            三維窗口可以在不同模式中,如選擇、旋轉(zhuǎn)、縮放等。根據(jù)這些模式確定鼠標(biāo)

            左鍵具體執(zhí)行什么命令。

            有些鼠標(biāo)鍵盤命令不管視圖處于什么模式都可以使用,這稱為默認(rèn)命令,它們

            可以在任何模式中使用。其它命令只適于特定模式。圖形窗口(Chart

            View)也這樣。

            5. 默認(rèn)視圖改變命令

            功能

            復(fù)位到原來位置

            平移

            平移

            平移

            縮放

            放大

            縮小

            放大特定區(qū)域

            繞X Y軸旋轉(zhuǎn)

            繞Z軸旋轉(zhuǎn)

            繞X軸旋轉(zhuǎn)

            繞Y軸旋轉(zhuǎn)

            Z軸旋轉(zhuǎn)

            繞X軸順時針旋轉(zhuǎn)45°

            繞X軸逆時針旋轉(zhuǎn)45°

            繞Y軸順時針旋轉(zhuǎn)45°

            繞Y軸逆時針旋轉(zhuǎn)45°

            6. Default lection:

            功能

            選定單個對象

            取消選定

            切換對象選擇

            加入選擇對象

            重新索套選取

            切換索套選取

            添加索套選取

            重新開始矩形選取

            切換矩形選取

            加入矩形選取

            取消選擇

            選擇父結(jié)構(gòu)

            按鍵

            Home

            鼠標(biāo)中鍵拖動

            鼠標(biāo)滾輪拖動

            ALT + 鼠標(biāo)右鍵拖動

            鼠標(biāo)左右鍵一起拖動

            +

            -

            R + 左鍵拖動

            窗口中間右鍵拖動

            窗口邊緣右鍵拖動

            X + 右鍵拖動

            Y + 右鍵拖動

            Z +右鍵拖動

            向上鍵

            向下鍵

            向左

            向右

            按鍵

            單擊對象

            空白處單擊

            CTRL + 鼠標(biāo)單擊

            SHIFT +鼠標(biāo)單擊

            Q + 鼠標(biāo)左鍵拖動

            Q + CTRL +鼠標(biāo)左鍵拖動

            Q + SHIFT +鼠標(biāo)左鍵拖動

            E +鼠標(biāo)左鍵拖動

            E + CTRL +鼠標(biāo)左鍵拖動

            E + SHIFT +鼠標(biāo)左鍵拖動

            CTRL + D

            單擊對象

            全部選擇

            同種類型的全部選定

            CTRL + A

            ALT + 雙擊對象

            切換就是原來選定的又被選定后就不選了,加入就是原來選定的又被選定后還

            是選定。

            7. 默認(rèn)結(jié)構(gòu)編輯

            功能

            剪切

            拷貝

            粘貼

            刪除

            X-Y平面內(nèi)平移選定的對象

            X-Y平面內(nèi)平移選定的對象

            相對屏幕水平移動選定對象

            相對屏幕豎直移動選定對象

            相對屏幕垂直移動選定對象

            相對屏幕水平移動選定對象

            相對屏幕豎直移動選定對象

            相對屏幕垂直移動選定對象

            沿著XY軸旋轉(zhuǎn)選定對象

            沿著Z軸旋轉(zhuǎn)選定對象

            繞X軸旋轉(zhuǎn)選定對象

            Rotate lected objects about Y

            Rotate lected objects about Z

            選擇模式下:

            功能

            選擇多個對象

            取消選擇

            旋轉(zhuǎn)模式下:

            功能

            繞XY軸旋轉(zhuǎn)

            縮放模式下:

            功能

            縮放

            按鍵

            CTRL + X

            CTRL + C

            CTRL + V

            DELETE

            SHIFT + 鼠標(biāo)中間拖動

            SHIFT + ALT + 鼠標(biāo)右鍵拖動

            SHIFT + X +鼠標(biāo)中間拖動

            SHIFT + Y +鼠標(biāo)中間拖動

            SHIFT + Z +鼠標(biāo)中間拖動

            SHIFT + ALT- 鼠標(biāo)水平移動

            SHIFT + ALT- 鼠標(biāo)豎直移動

            SHIFT + ALT- Z-鼠標(biāo)移動

            SHIFT + 鼠標(biāo)右鍵在靠近窗口中央拖動

            SHIFT + 鼠標(biāo)右鍵窗口邊緣拖動

            SHIFT + X +鼠標(biāo)右鍵拖動

            SHIFT + Y +鼠標(biāo)右鍵拖動

            SHIFT + Z +鼠標(biāo)右鍵拖動

            按鍵

            鼠標(biāo)左鍵拖過對象

            鼠標(biāo)左鍵在空白處拖動

            按鍵

            鼠標(biāo)左鍵拖動

            按鍵

            鼠標(biāo)左鍵拖動

            平移模式下

            功能

            平移

            按鍵

            鼠標(biāo)左鍵拖動

            草畫原子模式下:

            功能

            開始添加原子

            在已有原子上再加原子

            創(chuàng)建化學(xué)鍵

            XY方向平移原子

            合并兩個原子

            移動已畫原子

            前后移動已畫的原子

            改變已畫化學(xué)鍵的長度

            添加原子并停止草畫

            停止草畫

            停止草畫

            改變化學(xué)鍵的數(shù)目

            在化學(xué)鍵中插入原子

            替換元素

            按鍵

            空白處單擊鼠標(biāo)

            在原子上單擊

            先后單擊這兩個原子

            單擊原子并拖動。

            把一個拖到另一個上

            鼠標(biāo)拖動它

            ALT + 鼠標(biāo)左鍵拖動

            SHIFT + ALT +鼠標(biāo)左鍵拖動

            左鍵雙擊

            ESC

            單擊活動窗口以外地方

            單擊化學(xué)鍵

            ALT + 單擊化學(xué)鍵

            ALT +單擊原子

            說明:以上有些命令要注意按鍵順序,多試一下。

            畫環(huán)模式下:

            功能

            創(chuàng)建新環(huán)

            創(chuàng)建芳香環(huán)

            向已存原子上添加環(huán)

            向已存原子上添加芳香環(huán)

            把環(huán)加到已存化學(xué)鍵上

            把芳香環(huán)加到已存化學(xué)鍵上

            旋轉(zhuǎn)已畫環(huán)

            選擇新環(huán)的原子數(shù)目

            按鍵

            空白處單擊

            ALT + 空白處單擊

            此原子上單擊

            ALT + 單擊此原子

            單擊化學(xué)鍵

            ALT +單擊化學(xué)鍵

            左鍵拖動

            數(shù)字鍵3-8

            畫原子團片斷

            功能

            建立獨立原子團

            按鍵

            空白處單擊

            向原子上添加原子團 單擊頭上的原子

            添加原子團并旋轉(zhuǎn) 在頭上原子單擊并拖動

            結(jié)合兩個原子團片斷 ALT +分別單擊兩個原子團頭上的原子

            改變原子團結(jié)合點 雙擊原子團頭上的原子

            “頭上”原子指原子團中只有一個化學(xué)鍵的原子

            測量/改變模式下:

            功能

            建立新的監(jiān)視器

            使能監(jiān)視器

            使監(jiān)視器不活動

            修改活動監(jiān)視器

            改變活動監(jiān)視器中的固定原子

            取消測量設(shè)定

            取消測量設(shè)定

            按鍵

            單擊原子或鍵

            單擊不活動的監(jiān)視器

            單擊監(jiān)視器

            鼠標(biāo)左鍵拖動

            ALT + 鼠標(biāo)左鍵拖動

            ESC

            活動窗口外單擊

            監(jiān)視器就是設(shè)置的一個實時顯示原子距離、角度、轉(zhuǎn)矩的東西

            畫一個苯酰胺

            目的: 介紹Materials Visualizer中畫結(jié)構(gòu)的工具。

            用到的模塊:Materials Visualizer

            預(yù)先知識:建立工程

            化學(xué)家每天都要處理很多種類的小分子和中間物。所以容易的創(chuàng)建模型對建模環(huán)

            境都是很重要的。苯酰胺是典型的小分子結(jié)構(gòu)。以下通過建立他的結(jié)構(gòu)來學(xué)習(xí)

            Materials Studio。

            這就是要建立的苯酰胺的結(jié)構(gòu):

            Benzamide

            1. 創(chuàng)建3D文檔:

            從菜單中選擇File | 打開New Document對話框。選擇3D Atomistic

            Document(三維原子文檔),按OK。建立了一個三維窗口,工程管理器中顯示

            建立了名為3D Atomistic 的文件。在工程管理器這個文件名上右擊

            鼠標(biāo),選擇Rename改名。鍵入my_benzamide的新名字,按回車。選擇File | Save

            命令,或按標(biāo)準(zhǔn)工具條中的按鈕。

            你就在my quickstart文件夾(每個工程都對應(yīng)一個同名的文件夾)中建立了名

            為my_的文件。

            2. 改變到Ball and Stick球棍模型顯示方式。

            三維窗口中右擊鼠標(biāo),選擇Display Style,打開Display Style對話框,在Atom

            選項卡上設(shè)置。

            Materials Studio能在任何顯示方式下添加原子。

            3. 畫環(huán)和原子鏈。

            在草畫工具條上單擊Sketch Ring 按鈕,鼠標(biāo)移到三維窗口。鼠標(biāo)變?yōu)殂U筆

            行狀提示你處于草畫模式。鼠標(biāo)榜的數(shù)字表示將要畫的環(huán)包括的原子數(shù)目。可以

            通過按3-8的數(shù)字鍵改變。

            確保這個數(shù)字為6,三維窗口中單擊。畫出了一個6個C原子的環(huán)。如果安裝

            ALT鍵單擊,產(chǎn)生共振鍵。

            現(xiàn)在單擊草畫工具條Sketch Atom 按鈕,這是通用添加原子工具,可加入任

            何元素,默認(rèn)加入C原子。如下在環(huán)上加入兩個C原子。

            在環(huán)上移動鼠標(biāo),當(dāng)一個原子變?yōu)榫G色時單擊,鍵的一端就在這個原子上,移動

            鼠標(biāo)再單擊就加入了一個C原子,再移動,并雙擊。這樣在環(huán)上加入了兩個原

            子。

            另一種結(jié)束添加原子的方法是在最后一個原子位置單擊,然后按ESC鍵。注意,

            新加入的原子的化學(xué)鍵已經(jīng)自動加上。

            注意:你可以按Undo

            4. 加入氧原子。

            按Sketch Atom按鈕旁的向下按鈕,顯示可選元素,選擇氧Oxygen,在支鏈

            按鈕取消錯誤操作。

            上移動鼠標(biāo),當(dāng)變?yōu)樗{(lán)色顯示時單擊,這個原子就有了一個化學(xué)鍵,移動鼠標(biāo)并

            雙擊。加入了O原子。

            在3D窗口工具條上按

            5. 編輯元素類型。

            單擊鏈末端的C原子,選定它。選定的對象用黃色顯示。按Modify Element按

            鈕旁的箭頭,顯示元素列表,選擇Nitrogen氮,選定的原子就變?yōu)榱说?/p>

            按鈕,進(jìn)入了選擇模式。

            子。單擊三維窗口中空白地方,取消選擇,就可以看到這種變化了。

            6.編輯鍵類型。

            在三維窗口中在C和O原子中間單擊選定C-O鍵。選定的鍵以黃色顯示。按

            下SHIFT鍵,單擊其它三個相間的鍵。現(xiàn)在選定了三個C-C鍵和一個C-O鍵。

            單擊Modify Bond

            Bond雙鍵。

            取消選定。

            7. 調(diào)整氫原子和結(jié)構(gòu)

            現(xiàn)在可以給結(jié)構(gòu)自動加氫。單擊Adjust Hydrogen

            按鈕,自動給模型加入數(shù)目正確的氫原子。

            按鈕旁的向下按鈕,顯示鍵類型的下拉列表,選擇Double

            單擊Clean

            按鈕,調(diào)節(jié)結(jié)構(gòu)的顯示,它調(diào)整模型原子的位置,以便鍵長、鍵角、和扭矩

            顯示的合理。

            8. Kekule和共振鍵轉(zhuǎn)變。

            Materials Studio的計算鍵工具可以容易的在KeKule(開庫勒)和共振顯示模式

            間轉(zhuǎn)變。

            選擇Build | Bonds命令,打開Bond Calculation對話框。在Bonding Scheme(鍵模

            式)選項卡中,Option部分選中Convert reprentation to

            checkbox,空格里默認(rèn)顯示Kekule,選擇Resonant。按對話框底部的Calculate(

            計算)按鈕。

            C環(huán)以共振方式顯示。本例子中要以Kekele方式顯示,所以選擇Edit |

            Undo命令,或者按標(biāo)準(zhǔn)工具條中

            關(guān)閉Calculate Bonds對話框。

            9. 查看修改鍵長:

            你可以使用草畫工具條Measure/Change工具來查看修改距離、角度和扭矩等。

            按鈕,取消剛才的計算。

            Measure/Change tool

            單擊Measure/Change按鈕旁的向下按鈕,選Distance(距離),然后鼠標(biāo)在氧原子

            上移動,直到它以藍(lán)色凸出顯示,單擊。同樣方式單擊和氧原子成鍵的那個C

            原子。

            這樣建立了一個距離監(jiān)視器,以埃為單位顯示鍵長。

            鼠標(biāo)在三維窗口中空白處向下拖動,增加C-O鍵長度,再按Clean按鈕。監(jiān)視

            器的數(shù)值顯示出當(dāng)前的長度。

            最后,單擊Rotation

            Mode(旋轉(zhuǎn)模式)按鈕

            ,拖動鼠標(biāo),以不同角度查看模型。

            距離監(jiān)視器的顏色在活動時為紅色,不活動時為藍(lán)色。

            你可以使用Properties Explorer(屬性管理器)查看你創(chuàng)建的模型的有關(guān)信息。選

            擇View | Explorers | Properties Explorer命令打開屬性管理器。

            屬性管理器一般停靠在窗口坐標(biāo)。可以在它標(biāo)題欄拖動取消停靠或者停靠在其它

            地方。

            單擊屬性管理器中的Filter下拉菜單,選擇molecule(分子)。

            Properties Explorer

            中心坐標(biāo)(第一行)的值可能不同,取決于你在窗口哪里開始畫的結(jié)構(gòu)。拖動兩

            列中間的分割條可以改變兩列的寬度。

            在模型中選定一個原子,屬性管理器就會自動顯示有關(guān)它的信息。

            選定一個鍵來試試。

            可以在屬性管理器中直接修改屬性。在屬性管理器中,雙擊

            BondType(鍵類型)行,編輯鍵類型對話框就出現(xiàn)了。

            單擊向下箭頭,顯示不同鍵的類型,選擇Double,按OK。選定的鍵就變?yōu)殡p鍵

            了。

            按按鈕取消剛才的更改。關(guān)閉文檔,保存結(jié)果。

            建立晶體

            目的:介紹 Materials Visualizer.中建立晶體的方法。

            需要模塊:Materials Visualizer

            預(yù)先知識:建立工程。

            藥劑、農(nóng)業(yè)化學(xué)品、顏料、特殊化學(xué)產(chǎn)品和炸藥,都需要經(jīng)歷一個處理晶體材料

            的過程。能夠建立這些結(jié)構(gòu)的模型可以幫助我們更好的了解它們,控制它們的性

            質(zhì),如溶解度、保質(zhì)期、形態(tài)、生物利用率、顏色、沖擊敏感性蒸汽壓力和密度。

            廣泛使用的尿素是一種簡單的分子晶體材料。

            你必須在閱讀過“建立工程“部分后再開始本演示。

            1. 打開分子晶體文檔:

            選擇File | Import命令,打開導(dǎo)入文檔對話框。選擇Examples | Documents | 3D

            Model | 文件,單擊Import導(dǎo)入。

            一個包含尿素晶體相結(jié)構(gòu)的三維窗口顯示出來。工程管理器中出現(xiàn)“”

            文件。

            2. 計算氫鍵。

            選擇Build | Hydrogen Bonds 命令,打開Hydrogen Bond Calculation對話框。注

            意到你可以為計算氫鍵設(shè)置不同的模式和鍵的幾何參數(shù),也可以創(chuàng)建或保存你自

            己的模式。

            在此例子中,使用默認(rèn)參數(shù),按Calculate開始計算,氫鍵將以藍(lán)色虛線顯示在

            晶胞中。

            計算氫鍵也可以通過位于原子和鍵工具條上的Calculate Hydrogen Bonds

            按鈕。

            關(guān)閉計算氫鍵對話框。

            3. 調(diào)整晶體晶胞顯示范圍。

            在尿素文檔的三維窗口中右擊,從快捷菜單中選擇Display Style顯示方式命令。

            切換到Lattice選項卡,改變晶胞顯示方式。在Display部分,A行最大值改為

            2.0,B 、C行同樣改變。Display部分用于自定義顯示單元的數(shù)目,你現(xiàn)在應(yīng)顯示

            2×2×2的晶格,氫鍵將顯示的更清楚。

            4. 改變晶格顯示方式.

            在Lattice部分,選擇None。關(guān)閉Display Style對話框。

            5. 檢查結(jié)構(gòu)的氫鍵。

            旋轉(zhuǎn)氫鍵網(wǎng)絡(luò)。為了能看得更清楚,可以按Ret View

            鍵每次旋轉(zhuǎn)45°。關(guān)閉并保存文檔。

            按鈕,使用上下左右

            建立α石英晶體

            目的:介紹Materials Visualizer中建立晶體的工具

            使用模塊:Visualizer

            預(yù)先知識:建立工程。

            無機晶體的建模是另一個重要的領(lǐng)域,尤其對于設(shè)計非均勻催化、浮石催化劑、

            或礦物開采。本演示教你如何創(chuàng)建α-石英,介紹了M

            ATERIALS

            S

            TUDIO

            建立晶

            體的功能。

            1. 建立α石英晶體。

            選擇File | 命令,在新建文檔對話框中,選擇3D原子文檔,按OK按鈕。

            打開了一個三維窗口。工程管理器顯示創(chuàng)建了一個3D Atomistic

            的文件。在文件名上右擊,選擇改名命令,鍵入新名my_quartz_alpha,按回車。

            選擇File | Save命令保存文件,或者按標(biāo)準(zhǔn)工具條上的保存按鈕。你就創(chuàng)建了名

            為my_quartz_的文件。

            選擇Build | Crystals | 命令,打開Build Crystal對話框。在Space

            Group(空間群)選項卡, Enter group 文本框內(nèi)輸入p3221,

            按TAB鍵。你也可以從下拉列表中選擇空間群或者輸入空間群序號。

            在Lattice Parameters (晶格參數(shù)),輸入α石英a 和c 軸的晶格參數(shù):a = 4.910

            c = 5.402 。一旦空間群輸入后,b, α, β, γ的晶格參數(shù)自動設(shè)置。

            按Build按鈕,一個定義了晶格參數(shù)的空晶格出現(xiàn)在三維窗口中。

            2. 加入Si和O原子

            現(xiàn)在加入Si和O原子。由于對成形已經(jīng)確定了,你只需加入一個Si和一個O

            原子,對稱位置的原子自動產(chǎn)生。

            選擇Build | Add Atoms命令,打開Add Stoms對話框。你也可以通過單擊Add

            Atoms按鈕

            打開這個對話框。在Options部分,不要選擇Test for bonds as atoms

            are created。在此選項選定時,Materials Studio會在建立晶體過程中自動加入鍵。

            Materials Studio也有一個靈活的Bond Calculation工具,可以選擇、編輯、定義

            鍵參數(shù)。此例中使用自動選項就行了。

            仍然是在Options部分,把Coordinate system(坐標(biāo)系統(tǒng))設(shè)為Fractional。回到

            Atoms選項頁,元素列表中選擇Si,鍵入以下a,b和c的值a = 0.480781, b =

            0.480781, c = 0.0。按Add按鈕,一個Si原子和它的對稱位置原子就加入晶胞中

            了。

            在Atoms選項頁,選擇O元素,鍵入下列數(shù)值a = 0.150179, b = 0.414589, c =

            0.116499。單擊對話框底部Add按鈕,一個氧原子和它對稱位置的原子就被加入

            了。關(guān)閉Add Atoms對話框。

            3. 比較晶體的兩個版本。

            下面比較Materials Studio結(jié)構(gòu)庫中的α-石英和你建立的石英。

            選擇File | 命令,打開Import Document對話框。選定Examples |

            Documents | 3D Model | quartz_文件并導(dǎo)入。工程管理器中一個名為

            quartz_的文件建立了。

            關(guān)閉其它打開的窗口,只留my_quartz_alpha" and "quartz_alpha兩個窗口,選擇

            Window | Tile Vertically命令。在每個文檔窗口中使用Ret View

            用上下左右鍵使它們在同一個方向上,比較它們是否相同。

            注意:新建的my_quartz_alpha結(jié)構(gòu)實際上有相鄰的晶胞的原子上,以便顯示

            SiO

            2

            拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)。

            在my_quartz_alpha窗口中右擊鼠標(biāo),選擇Display Style命令,打開Display Style

            對話框。在Lattice選項頁,選擇In-Cell方式,關(guān)閉對話框。現(xiàn)在相鄰晶胞中

            的原子刪除了,這樣兩個結(jié)構(gòu)才以同種方式顯示。

            注意:這種功能也能通過Build | Crystals | Rebuild Crystal菜單,單擊Rebuild

            Crystal 對話框中的Rebuild按鈕完成。

            保存關(guān)閉文件。

            按鈕。使

            建立聚甲基丙烯酸甲酯

            目的:介紹Materials Visualizer 中建立高聚物的工具。

            用到的模塊:Materials Visualizer

            預(yù)先知識:建立工程

            聚甲基丙烯酸甲酯(PMMA)是一種重要地商業(yè)化的熱塑性材料,尤其對于玻璃

            業(yè)。它是典型的自由基聚合物,使用臭氧、偶氮化合物、熱或光引發(fā)反應(yīng)。此例

            中你將使用Materials Studio中創(chuàng)建高聚物的工具建立20個單元的全同立構(gòu)的

            PMMA,后繼部分將模擬研究它的性質(zhì)。

            你可以在上面建立的my quickstart工程開始。

            1. 建立全同立構(gòu)PMMA。

            Materials Studio提供建立均聚物、嵌端共聚物、無規(guī)共聚物和dendrimer的選項。

            選擇Build | Build Polymers | Homopolymer. 菜單,打開Homopolymer(均聚物)

            對話框。在Polymerize(聚合)選項頁,單擊Lirary下拉菜單,選擇acrylates(丙

            烯酸酯)。在Repeat Unit(重復(fù)單元)下拉菜單中選擇methyl_methacrylate。

            現(xiàn)在看到Tracticity下拉菜單,你可以建立全同、間同或無規(guī)的形式。選擇Isotactic

            (全同)。在Chain length(鏈長)文本框中輸入20。

            選擇Advanced(高級)選項頁,設(shè)置Torsion(轉(zhuǎn)矩)為60。這樣你就設(shè)置了創(chuàng)

            建20個單元的全同PMMA。單擊Build按鈕,關(guān)閉對話框。

            一個名為Polymethyl_三維文檔建立,在一個三維顯示出它的

            結(jié)構(gòu)。

            單擊clean

            按鈕,整理成一個合理的幾何結(jié)構(gòu)。一般的,還有其它的幾何優(yōu)化,

            如使用Discover模塊的Minimize(最小化)功能。

            2. 選定標(biāo)識單個單元。

            首先改變結(jié)構(gòu)的顯示方式。在三維窗口中右擊鼠標(biāo),從快捷菜單中選擇Display

            Style。在Atom選項頁,單擊Line選項。結(jié)構(gòu)的顯示方式變?yōu)榫€形。

            在PMMA結(jié)構(gòu)中選定任一原子(你可能需要放大一下才行)。選定的原子以黃

            色顯示。在三維窗口中右擊鼠標(biāo),選擇Select Repeat Unit methyl_methacrylate(選

            擇PMMA的重復(fù)單元)。這樣就選定了一個重復(fù)單元,它們用黃色凸出顯示。

            回到顯示選項對話框的Atom選項頁,單擊Ball and Stick按鈕,關(guān)閉對話框。這

            樣使選定的重復(fù)單元以球棍模型顯示。

            保持重復(fù)單元選定著,在文檔空白處右擊鼠標(biāo),在快捷菜單中選Label(標(biāo)識)

            命令,打開Label對話框。在Object Type(對象類型)下拉選項中選擇Repeat Unit

            (重復(fù)單元)。在Properties(屬性)中選擇Name(名稱)。在Font字體對話

            框中設(shè)置大小為24,顏色設(shè)為green。最后單擊Apply應(yīng)用按鈕。

            選定的重復(fù)單元上就出現(xiàn)了名字標(biāo)識。

            3. 研究結(jié)構(gòu)

            在the Polymethyl_methacrylate三維窗口中空白處單擊,取消選擇。練習(xí)縮放、

            旋轉(zhuǎn)和平移結(jié)構(gòu)。

            關(guān)閉保存文檔。

            保存工程。

            目的:演示如何保存文檔,關(guān)閉工程。

            用到的模塊:Materials Visualizer

            預(yù)先知識:建立工程

            1. 保存工程。

            你已經(jīng)創(chuàng)建了你的第一個Materials Studio工程。如果你是按照上面的順序做下

            來的,現(xiàn)在工程管理器應(yīng)顯示如下:If you have worked through all of the Quick

            start tutorials, the Project Explorer should now look like this:

            雙擊其中的每一項,四個文檔都會在窗口中打開。

            選擇Window | Tile Horizontally 菜單。四個文檔窗口就會平鋪在Materials Studio

            中。

            最后選擇File | Save Project 菜單

            演示到此結(jié)束。工程的設(shè)置和所有的文檔都保存在my quickstart工程中。再次

            打開這個工程時,四個文檔窗口會以關(guān)閉時相同的方式顯示。現(xiàn)在你可以建立新

            工程或裝入其它已有工程。(都是通過File菜單)。

            選擇File|Exit退出Materials Studio。

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            標(biāo)簽:顯示   原子   結(jié)構(gòu)   文檔   選定   對話框   使用   計算
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