人乳頭瘤病毒分型及相關基因甲基化一體化檢測模型及其構建方法與流程
1.本發明涉及分子生物學分析檢測技術領域，具體涉及一種人乳頭瘤病毒分型及相關基因甲基化一體化檢測模型及其構建方法。
背景技術：
2.目前宮頸癌的篩查包括宮頸細胞學檢測及人乳頭瘤病毒(hpv)檢測。細胞學檢測包括巴氏涂片和tct液基細胞壓片，其診斷水平受醫師主觀因素影響較大。hpv dna檢測相比細胞學檢測，能夠對高危型和低危型進行分型和定量檢測，但是大部分hpv為一過性感染，不會發展為宮頸癌前病變或宮頸癌，但易給婦女造成不必要的心理負擔。因此單一依靠hpv篩查，會造成過度診斷和過度。
技術實現要素：
3.本發明旨在提供一種人乳頭瘤病毒分型及相關基因甲基化一體化檢測模型及其構建方法以彌補上述技術的不足。本發明采用了如下的技術方案：基因甲基化是指dna分子上cpg雙核苷中的胞嘧啶（c）在酶的作用下選擇性地添加甲基形成5'-甲基胞嘧啶的過程。cpg雙核苷常位于基因轉錄調控區附近，其甲基化能引起染質結構、dna構象、dna穩定性等發生改變，從而調控基因的轉錄和表達。基因甲基化異常是腫瘤發生最常見的表觀遺傳變化之一，腫瘤的發生表現為基因組整體甲基化水平降低（癌基因）和cpg島局部甲基化水平的異常升高（抑癌基因）。因此通過檢測hpv基因組甲基化及人宮頸癌相關基因甲基化可以對具有潛在病變進展風險的患者進行分流。
4.本發明提供一種人乳頭瘤病毒分型及相關基因甲基化一體化檢測模型及其構建方法，包括：提取待測宮頸細胞dna，將所述dna片段化，進行末端修復和接頭連接；對上述產物進行甲基化處理，再進行pcr富集和質檢；根據宮頸癌相關基因和18種hpv基因組的全長序列，設計探針；所述18種hpv基因組包括hpv6、hpv11、hpv16、hpv18、hpv31、hpv33、hpv35、hpv39、hpv45、hpv51、hpv52、hpv56、hpv58、hpv59、hpv66、hpv68a、hpv69和hpv82；通過所述探針靶向富集目標區域的核酸，進行高通量測序；建立人乳頭瘤病毒分型及相關基因甲基化一體化檢測模型，進行生信分析，比對hpv分型；從序列與18種hpv型別比對的結果中，分別提取分型各基因所包含的reads，計算基因甲基化分值，并統計基因覆蓋深度，以甲基化分值與基因覆蓋深度作為hpv基因甲基化高低程度指標，對樣本進行分類預測；對宮頸癌相關基因甲基化進行檢測。
5.進一步，所述比對hpv分型包括：使用bismark將預處理后數據與18種hpv型別的參
考基因組進行比對，得到序列比對結果的詳細信息，計算得到覆蓋度，以覆蓋度大于40%篩選數據得到基本分型信息。
6.進一步，所述宮頸癌相關基因包括：adcyap1、ajap1、ankrd18cp、apc、astn1、cadm1、ccna2、cdh1、cdh13、cdh6、cdkn2a、dapk1、dlx1、epb41l3、fam19a4、fanci、fhit、gata4、gfra1、hs3st2、jam3、kcnip4、lhx8、lmx1a、mal、mir124-1、mir124-2、mir124-3、pax1、pcdha13、pcdha4、pou4f3、rarb、rnaseh2a、rubcnl、rxfp3、slit2、sox1、sox17、st6galnac5、tert、timp3、wif1、znf671和zscan1。
7.進一步，所述設計探針包括：獲取所述宮頸癌相關基因及所述18種hpv基因組全長序列的甲基化區域，提取參考序列，根據參考序列的正向序列和反向序列，設計經過亞硫酸鹽處理后的模擬高甲基化和低甲基化序列，然后以這些序列為模板從第一個堿基開始截取120bp的序列做探針，再一次往后移動 n 個堿基，截取120bp的序列做探針，直到最后一個120bp。
8.所述以甲基化分值與基因覆蓋深度作為hpv基因甲基化高低程度指標，對樣本進行分類預測包括：將每種hpv分型的每個基因區域的甲基化分值與基因覆蓋深度相乘，得到一個判斷值，若所述判斷值大于等于1.04，則判定為cin2+；若所述判斷值小于1.04，則判定為≤cin1。
9.進一步，所述計算基因甲基化分值通過下式進行計算：其中，mhl為甲基化分值，l為宮頸癌相關基因含有的cpg位點，mhi為i個連續cpg位點完全甲基化的比例。
10.進一步，所述甲基化分值與宮頸病變程度呈正相關。
11.進一步，所述對宮頸癌相關基因甲基化進行檢測包括：比對至人宮頸癌相關基因組生成bam文件，去冗余提取所有cpg位點，再從所述所有cpg位點中提取宮頸癌相關基因cpg位點，分別提取各高密度高關聯區域所包含的reads，計算區域內甲基化分值，以甲基化分值作為宮頸癌相關基因甲基化高低程度指標，對樣本進行分類預測。
12.另一方面，本發明提供一種人乳頭瘤病毒分型及甲基化一體化檢測模型，包括：宮頸細胞dna提取模塊，用于提取待測宮頸細胞dna，將所述dna片段化，進行末端修復和接頭連接；測序模塊，用于對上述產物進行甲基化處理，再進行pcr富集和質檢；探針設計模塊，用于根據宮頸癌相關基因和18種hpv基因組全長序列，設計探針；所述18種hpv基因組包括hpv6、hpv11、hpv16、hpv18、hpv31、hpv33、hpv35、hpv39、hpv45、hpv51、hpv52、hpv56、hpv58、hpv59、hpv66、hpv68a、hpv69和hpv82；富集測序模塊，用于通過所述探針靶向富集目標區域的核酸，進行高通量測序；生信分析模塊，用于進行生信分析，比對hpv分型；再比對至人宮頸癌相關基因組生成bam文件，去冗余提取所有cpg位點，再從所述所有cpg位點中提取宮頸癌相關基因cpg位點，計算每種hpv分型的每個基因區域的甲基化
分值，以每種hpv分型的每個基因區域的甲基化分值與基因覆蓋深度作為hpv基因甲基化高低程度指標，對樣本進行分類預測；對宮頸癌相關基因甲基化進行檢測。
13.進一步，所述比對hpv分型包括使用bismark將預處理后數據與18種hpv參考基因組序列進行比對，得到序列比對結果的詳細信息，計算得到覆蓋度，以覆蓋度大于40%篩選數據得到基本分型信息；所述以甲基化分值與基因覆蓋深度作為hpv基因甲基化高低程度指標，對樣本進行分類預測包括：將每種hpv分型的每個基因區域的甲基化分值與基因覆蓋深度相乘，得到一個判斷值，若所述判斷值大于等于1.04，則判定為cin2+；若所述判斷值小于1.04，則判定為≤cin1。
14.進一步，所述對宮頸癌相關基因甲基化進行檢測包括：比對至人宮頸癌相關基因組生成bam文件，去冗余提取所有cpg位點，再從所述所有cpg位點中提取宮頸癌相關基因cpg位點，分別提取各高密度高關聯區域所包含的reads，計算區域內甲基化分值，以甲基化分值作為宮頸癌相關基因甲基化高低程度指標，對樣本進行分類預測。
15.本發明的有益效果在于：本發明通過靶向測序的方法可以同時檢測hpv分型和評估hpv甲基化及人宮頸癌相關基因甲基化程度，捕獲效率高、捕獲穩定性和均一性較好，減少測序成本，避免單一hpv檢測的過度診斷問題。
附圖說明
16.圖1為實施例3hpv甲基化auc值圖；圖2為實施例3mhl值與宮頸病變程度關系圖。
具體實施方式
17.下面結合具體實施例對本發明作進一步的詳細說明。
18.需要說明的是，這些實施例僅用于說明本發明，而不是對本發明的限制，在本發明的構思前提下本方法的簡單改進，都屬于本發明要求保護的范圍。
19.實施例1hpv基因組分型/甲基化及人宮頸癌相關基因組甲基化檢測方法建立1、探針設計（1）人宮頸癌相關基因組甲基化mark基因篩選篩選宮頸癌相關的甲基化特征明顯的甲基化區域，取每個區域的參考序列（參考基因組版本hg19），去掉重復區域的序列，重復序列采用repeatmask軟件分析得到基因序列，參見表1。
20.表1基因列表adcyap1cdh6gfra1mir124-3slit2ajap1cdkn2ahs3st2pax1sox1ankrd18cpdapk1jam3pcdha13sox17apcdlx1kcnip4pcdha4st6galnac5astn1epb41l3lhx8pou4f3tert
cadm1fam19a4lmx1ararbtimp3ccna2fancimalrnaseh2awif1cdh1fhitmir124-1rubcnlznf671cdh13gata4mir124-2rxfp3zscan1（2）探針設計從上述45個基因以及提取的hpv 6、11、16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、66、68a、69和82等18種hpv基因組全長序列的甲基化區域的cpg位點及前后75bp的位置，提取參考序列（參考基因組版本hg19）根據參考序列的正向序列和反向序列，設計經過亞硫酸鹽處理后的模擬高甲基化和低甲基化序列，然后以這些序列為模板從第一個堿基開始截取120bp的序列做探針，再一次往后移動 n 個堿基，截取120bp的序列做探針，直到最后一個120bp。每個區域根據外顯子的gc含量不同，n會有變化，gc含量太高或太低n越小，探針設計越密集捕獲達到的均一性越高。
21.2、宮頸細胞dna提取（dna提取）采用以下任一方式提取宮頸細胞dna：宮頸脫落細胞dna提取：取300μl保存液保存細胞按照通用型柱式基因組提取試劑盒（康為，cwy004）說明書提取基因組dna后qubit檢測濃度。
22.石蠟組織或石蠟切片基因組dna提取：取10μm厚的石蠟塊或8-10片石蠟切片樣本按照generead dna ffpe kit（qiagen，180134）說明書提取基因組dna后qubit檢測濃度。
23.新鮮組織基因組dna提取：取25 mg新鮮組織按照通用型柱式基因組提取試劑盒（康為，cwy004）說明書提取基因組dna后qubit檢測濃度。
24.3、基因組dna甲基化文庫構建（1）甲基化防污染接頭設計及合成甲基化防污染接頭由通用序列、防污染標簽兩部分構成，防污染標簽包含8-10堿基（隨機序列），且接頭中的胞嘧啶（c）堿基全部進行甲基化修飾，將合成的接頭的干粉用高速離心機12000 rpm離心，加入一定體積的ph為8.0、10mm tris-hcl稀釋至100μm；將接頭1和接頭2各取50μl 100μm退火后使用。
25.（2）基因組dna甲基化文庫構建a．基因組dna片段化使用covaris超聲打斷儀按照相關的說明書將從細胞或組織中獲得dna片段化至200bp。
26.將步驟2中組織或細胞dna利用covaris超聲打斷儀（covaris，s220）按照參數peak incident power 175w、duty factor 10%、cycles per burst 200、treatment time 180s片段化至200bp左右。
27.b．末端修復、連接接頭按照2000：1的比例在片段化dna中加入lambda dna后使用rapid max dna lib prep kit for illumina（abclonal，rk20217）試劑盒進行末端修復、連接接頭。其中接頭為步驟（1）中合成的甲基化修飾接頭。
28.c．文庫甲基化處理使用epitect plus dna plus dna bisufite kit（qiagen，59124）甲基化處理試
劑盒按照說明書對上一步產物進行甲基化處理。
29.d．pcr富集將上一步甲基化產物使用kapahifi高保真甲基化文庫擴增試劑（kapa,kk2802）進行擴增，使用magbeaddnapurificationkit（康為，cw2508m）試劑盒純化。
30.e．文庫質檢上一步產物用qubit檢測濃度。
31.4、文庫靶向富集將待測樣本細胞或組織基因組dna為文庫，以設計的探針，按照專利201810580442.6實施例1的試劑和實施例2的方法進行靶向捕獲。
32.5、生信分析將步驟4得到的靶序列捕獲文庫通過nextseq500、xten、novaseq等二代測序平臺進行高通量測序，得到測序原始數據進行以下分析。
33.（1）原始數據質控a.堿基識別使用illumina官方軟件bcf2fastq（version2.15.0.4），根據樣本index序列，將illumina測序儀下機二進制bcf格式文件轉化并拆分為單個樣本可讀文件fastq格式。
34.b.數據質控使用cutadapt（version1.16）去除測序接頭，刪除低質量堿基，生成cleanreads。其中cutadapt（version1.16）的參數為（-q10,10
??
nextseq-trim=10-aatctcgtatgccgtcttctgcttg-aagatcggaagagcgtcgtgtagggaaagagtgtagatctcggtggtcgccgtatcatt），序列長度小于80。
35.（2）hpv分型分析使用bismark將預處理后數據與18種hpv型別的參考基因組進行比對（-n1-p6-l30-most_valid_alignments3），得到序列比對結果的詳細信息（bam文件）。將bam中的信息轉成bed文件計算得到覆蓋度統計文件（sample.depth.coverage），以覆蓋度大于40%篩選數據得到基本分型信息。
36.（3）數據比對使用甲基化比對專用軟件bismark（v0.17.0）將cleanreads比對至人宮頸癌相關基因組hg19及hpv基因組,其中bismark比對參數為（-un
??
genome_folder-n1-p8-l30-most_valid_alignments3-b
??
samtools_path
–o??
path_to_bowtie-1-2），生成bam文件。
37.使用bismark中的deduplicate_bismark模塊對對比后的bam文件去冗余。
38.使用bismark中的bismark_methylation_extractor模塊對去冗余的bam文件提取cpg位點信息，參數為（-p
??
no_overlap
??
ignore4
??
ignore_r24
??
samtools_path
??
bedgraph
??
buffer_size20g
??
cytosine_report
??
genome_folder-o./
??
multicore10bam）。
39.使用bismark將預處理后數據與18種hpv型別的參考基因組進行比對，得到序列比對結果的詳細信息，計算得到覆蓋度，以覆蓋度大于40%篩選數據得到基本分型信息；（4）cpg位點提取
bismark_methylation_extractor模塊提取的是所有的cpg位點信息，目標基因是宮頸癌相關基因的cpg位點，因此需要從所有的cpg位點信息中提取目標cpg位點信息。使用編寫的s_extract_from_bed.pypython腳本從所有的cpg位點信息中提取目標cpg位點信息。
40.（5）對每種分型的每個基因區域計算一個甲基化分值。
41.甲基化分值計算公式為其中l為hpv基因cpg位點，mhi為i個連續cpg位點完全甲基化的比例，p為i個連續cpg位點的片段中，完全甲基片段占比。
42.（6）甲基化程度預測分析從序列與18種hpv型別比對的結果中，分別提取分型各基因所包含的reads，計算基因甲基化分值（mhl），并統計基因覆蓋深度，以mhl值與基因覆蓋深度作為hpv基因甲基化高低程度指標，對樣本進行分類預測；比對至人宮頸癌相關基因組生成bam文件，去冗余提取所有cpg位點，再從所述所有cpg位點中提取宮頸癌相關基因cpg位點，分別提取各高密度高關聯區域所包含的reads，計算區域內甲基化分值（mhl），以mhl值宮頸癌基因甲基化高低程度指標，對樣本進行分類預測。
43.人宮頸癌相關基因甲基化檢測靶標是探針設計區域里的cpg位點，包括：cpg高密度區域劃分，即區域內所有相連的cpg位點間距小于100bp；對cpg高密度區域篩選高關聯度位點集；兩位點同時甲基化或同時非甲基化認為兩位點具甲基化關聯性。兩位點甲基化關聯度定義為：兩位點同時甲基化或同時非甲基化支持序列數占兩位總覆蓋序列的比例。高關聯度位點集定義為，位點集內任意一個位點與其余至少一個位點關聯度大于等于0.8。通過此規則進一步劃分位點分組（稱位點集），過濾干擾位點；對每一個位點集計算一個甲基化分值甲基化分值計算公式為其中l為宮頸癌相關基因含有的cpg位點，mhi為i個連續cpg位點完全甲基化的比例，p為i個連續cpg位點的片段中，完全甲基片段占比，為了更有效地區分宮頸炎/cin1與cin2/cin3/宮頸癌，計算甲基化分值的時候i從4開始。
44.實施例2hpv分型檢測經患者知情同意，采集6例待檢患者宮頸脫落細胞樣本，用實施例1的方法檢測hpv型別，結果見表2：結果中第一列為樣本編號；第二列為病毒參考id；第三列為平均測序深度；第四列為目標區域上的覆蓋reads數；第五列為目標區域上的覆蓋度；第六列為目標區域堿基測序深度不低于20x所占的比例；第七列為測序的reads覆蓋到hpv的型別及對應的基因。從數據可以看到，本方法可以對hpv基因組有較好的覆蓋，平均深度可達到上萬x（20x覆蓋可達到100%），可以覆蓋到常見hpv基因型，且與熒光定量檢測結果一致。
45.表2 6例待檢患者宮頸脫落細胞樣本檢測結果
實施例3hpv甲基化檢測hpv基因甲基化水平可通過參與病毒基因與宿主細胞整合過程，并調控癌基因表達、病毒增殖和機體免疫逃逸，促使子宮頸癌發生。本發明在患者知情同意的情況下，使用實施例1的試劑盒和方法對80例hpv感染伴有不同病變的宮頸脫落細胞樣本（≤cin1及cin2
+）檢測（檢測結果見表3），通過提取hpv基因組的cpg位點、對每一個位點集計算一個甲基化值（mhl），并將mhl值與基因區域平均深度相乘，得到一個判斷值，并通過youden'sjstatistic算法確定閾值為1.04（靈敏度為79.59%、特異度為67.74%、auc值為0.74）（圖1），且判斷值與宮頸病變程度呈正相關，若判斷值大于等于1.04，則判定為cin2+；若判斷值小于1.04，則判定為≤cin1（圖2）。
46.表380例hpv感染伴有不同病變的宮頸脫落細胞樣本檢測結果實施例4hpv分型、hpvdna甲基化和人宮頸癌相關基因甲基化一體化檢測經患者同意，取50例待檢的宮頸脫落細胞用實施例1的方法進行hpv分型、hpvdna甲基化和人宮頸癌相關基因甲基化的檢測，結果見表4：第二列為hpv分型結果；第三列和第四列為hpvdna甲基化檢測結果；第五列為人宮頸癌相關基因組dna甲基化判斷結果；第六列為組織病理結果。
47.表450例待檢的宮頸脫落細胞一體化檢測結果
最后說明的是，以上實施例僅用以說明本發明的技術方案而非限制，盡管通過參照本發明的優選實施例已經對本發明進行了描述，但本領域的普通技術人員應當理解，可以在形式上和細節上對其作出各種各樣的改變，而不偏離所附權利要求書所限定的本發明的精神和范圍。
技術特征：
1.一種人乳頭瘤病毒分型及相關基因甲基化一體化檢測模型的構建方法，其特征包括：提取待測宮頸細胞dna，將所述dna片段化，進行末端修復和接頭連接；進行甲基化處理，再進行pcr富集和質檢；根據宮頸癌相關基因和18種hpv基因組的全長序列，設計探針；所述18種hpv基因組包括hpv6、hpv11、hpv16、hpv18、hpv31、hpv33、hpv35、hpv39、hpv45、hpv51、hpv52、hpv56、hpv58、hpv59、hpv66、hpv68a、hpv69和hpv82；通過所述探針靶向富集目標區域的核酸，進行高通量測序；建立人乳頭瘤病毒分型及相關基因甲基化一體化檢測模型，進行生信分析，比對hpv分型；從序列與18種hpv型別比對的結果中，分別提取分型各基因所包含的reads，計算基因甲基化分值，并統計基因覆蓋深度，以甲基化分值與基因覆蓋深度作為hpv基因甲基化高低程度指標，對樣本進行分類預測；對宮頸癌相關基因甲基化進行檢測。2.根據權利要求1所述人乳頭瘤病毒分型及相關基因甲基化一體化檢測模型的構建方法，其特征在于，所述比對hpv分型包括：使用bismark將預處理后數據與18種hpv參考基因組序列進行比對，得到序列比對結果的詳細信息，計算得到覆蓋度，以覆蓋度大于40%篩選數據得到基本分型信息。3.根據權利要求1所述人乳頭瘤病毒分型及相關基因甲基化一體化檢測模型的構建方法，其特征在于，所述宮頸癌相關基因包括：adcyap1、ajap1、ankrd18cp、apc、astn1、cadm1、ccna2、cdh1、cdh13、cdh6、cdkn2a、dapk1、dlx1、epb41l3、fam19a4、fanci、fhit、gata4、gfra1、hs3st2、jam3、kcnip4、lhx8、lmx1a、mal、mir124-1、mir124-2、mir124-3、pax1、pcdha13、pcdha4、pou4f3、rarb、rnaseh2a、rubcnl、rxfp3、slit2、sox1、sox17、st6galnac5、tert、timp3、wif1、znf671和zscan1。4.根據權利要求1所述人乳頭瘤病毒分型及相關基因甲基化一體化檢測模型的構建方法，其特征在于，所述設計探針包括：獲取所述宮頸癌相關基因及所述18種hpv基因組全長序列的甲基化區域，提取參考序列，根據參考序列的正向序列和反向序列，設計經過亞硫酸鹽處理后的模擬高甲基化和低甲基化序列，然后以這些序列為模板從第一個堿基開始截取120bp的序列做探針，再一次往后移動 n 個堿基，截取120bp的序列做探針，直到最后一個120bp。5.根據權利要求1所述人乳頭瘤病毒分型及相關基因甲基化一體化檢測模型的構建方法，其特征在于，所述以甲基化分值與基因覆蓋深度作為hpv基因甲基化高低程度指標，對樣本進行分類預測包括：將每種hpv分型的每個基因區域的甲基化分值與基因覆蓋深度相乘，得到一個判斷值，若所述判斷值大于等于1.04，則判定為cin2+；若所述判斷值小于1.04，則判定為≤cin1。6.根據權利要求1所述人乳頭瘤病毒分型及相關基因甲基化一體化檢測模型的構建方法，其特征在于，所述計算基因甲基化分值通過下式進行計算：
其中，mhl為甲基化分值，l為宮頸癌相關基因含有的cpg位點，mhi為i個連續cpg位點完全甲基化的比例，p為i個連續cpg位點的片段中，完全甲基片段占比。7.根據權利要求1所述人乳頭瘤病毒分型及相關基因甲基化一體化檢測模型的構建方法，其特征在于，所述對宮頸癌相關基因甲基化進行檢測包括：比對至人宮頸癌相關基因組生成bam文件，去冗余提取所有cpg位點，再從所述所有cpg位點中提取宮頸癌相關基因cpg位點，分別提取各高密度高關聯區域所包含的reads，計算區域內甲基化分值，以甲基化分值作為宮頸癌相關基因甲基化高低程度指標，對樣本進行分類預測。8.一種人乳頭瘤病毒分型及相關基因甲基化一體化檢測模型，其特征在于，包括：宮頸細胞dna提取模塊，用于提取待測宮頸細胞dna，將所述dna片段化，進行末端修復和接頭連接；測序模塊，用于進行甲基化處理，再進行pcr富集和質檢；探針設計模塊，用于根據宮頸癌相關基因和18種hpv基因組全長序列，設計探針；所述18種hpv基因組包括hpv6、hpv11、hpv16、hpv18、hpv31、hpv33、hpv35、hpv39、hpv45、hpv51、hpv52、hpv56、hpv58、hpv59、hpv66、hpv68a、hpv69和hpv82；富集測序模塊，用于通過所述探針靶向富集目標區域的核酸，進行高通量測序；生信分析模塊，用于進行生信分析，比對hpv分型；從序列與18種hpv型別比對的結果中，分別提取分型各基因所包含的reads，計算基因甲基化分值，并統計基因覆蓋深度，以甲基化分值與基因覆蓋深度作為hpv基因甲基化高低程度指標，對樣本進行分類預測；對宮頸癌相關基因甲基化進行檢測。9.根據權利要求8所述人乳頭瘤病毒分型及相關基因甲基化一體化檢測模型，其特征在于，所述比對hpv分型包括使用bismark將預處理后數據與18種hpv參考基因組序列進行比對，得到序列比對結果的詳細信息，計算得到覆蓋度，以覆蓋度大于40%篩選數據得到基本分型信息；所述以甲基化分值與基因覆蓋深度作為hpv基因甲基化高低程度指標，對樣本進行分類預測包括：將每種hpv分型的每個基因區域的甲基化分值與基因覆蓋深度相乘，得到一個判斷值，若所述判斷值大于等于1.04，則判定為cin2+；若所述判斷值小于1.04，則判定為≤cin1。10.根據權利要求8所述人乳頭瘤病毒分型及相關基因甲基化一體化檢測模型，其特征在于，所述對宮頸癌相關基因甲基化進行檢測包括：比對至人宮頸癌相關基因組生成bam文件，去冗余提取所有cpg位點，再從所述所有cpg位點中提取宮頸癌相關基因cpg位點，分別提取各高密度高關聯區域所包含的reads，計算區域內甲基化分值，以甲基化分值作為宮頸癌相關基因甲基化高低程度指標，對樣本進行分類預測。
技術總結
本發明涉及分子生物學檢測領域，具體涉及人乳頭瘤病毒（HPV）分型及宮頸癌相關基因甲基化一體化檢測模型及其構建方法；本發明方法包括：提取待測宮頸細胞DA，進行甲基化處理；設計探針，通過探針靶向富集后進行高通量測序，建立HPV分型及甲基化一體化檢測模型進行生物信息學分析，比對HPV分型，提取所有CpG位點，再從所有CpG位點中提取宮頸癌相關基因CpG位點，計算每種HPV分型的每個基因區域的甲基化分值，再檢測宮頸癌相關基因甲基化；本發明旨在通過一個樣本、一次檢測實現對HPV分型及宮頸癌相關基因甲基化檢測，通過多數據對個體的宮頸癌風險進行分析，避免單一檢測導致的過度診斷問題。斷問題。斷問題。
